공익사업용 토지 양도에 대한 감면 신청기한

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 2007년도에 토지가 수용되어 조세특례제한법 제77조 제1항 의 감면 규정에 해당되나 착오로 감면신청을 하지 않고 양도소득세를 신고납부 하였음

○ 질의내용

- 법정신고 기한내에 감면신청을 하지않은 경우 경정청구에 의한 감면신청이 가능한지 여부

2. 질의 내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제77조

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 10(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 15로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 20)에 상당하는 세액을 감면한다. (2007. 12. 31. 개정)

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 (2003. 12. 30. 개정)

2. 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)안의 토지등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙)

3. 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률 기타 법률에 의한 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 11. 개정)

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우 당해 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 제1항 제1호의 규정에 의한 공익사업의 시행자가 사업시행의 인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 당해 공익사업에 착수하지 아니하는 경우 (2003. 12. 30. 개정)

2. 제1항 제2호의 규정에 의한 사업시행자가 대통령령이 정하는 기한내에 도시 및 주거환경정비법에 의한 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙)

③ 제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 때에는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 5에 상당하는 금액을 징수한다. (2007. 12. 31. 신설)

④ 제1항 제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 감면받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제40조 제2항 중 이자상당가산액에 관한 규정을 준용하고 제1항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 징수하는 경우에는 제46조 제4항을 준용한다. (2007. 12. 31. 개정)

⑤ 제1항 제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 세액을 감면받고자 하는 경우에는 당해 공익사업 또는 정비사업의 시행자가 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2007. 12. 31. 항번개정)

⑥ 제1항 제3호의 규정에 의한 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (2007. 12. 31. 항번개정)

⑦ 제1항과 제3항을 적용하는 경우 채권을 만기까지 보유하기로 한 특약의 내용, 특약을 위반하였을 때 그 위반사실을 국세청에 통보하는 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2007. 12. 31. 신설)

○ 조세특례제한법 시행령 제72조

⑥ 법 제77조 제6항에 따른 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와 「법인세법」 제62조 의 2 제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사 ․ 심판례, 판례)

○ 재산46014-947, 2000.07.29

22년간 제조업을 하는 중소사업자로서 금융기관의 부채를 상환하기 위해서 1999. 5. 본인이 경영하는 제1사업장과 제2사업장 중 제2사업장 공장을 매각하여 그 대금 전액을 금융기관의 부채로 상환하였음.

그러나 본인의 무지로 인하여 2000. 5. 31까지 양도소득세 감면신청서를 제출하지 못하였음. 이에 대해서 1999년도 양도소득세의 감면 여부를 질의함.

1. 토지 또는 건물(이하 “토지 등”이라 함)의 양도일까지 계속하여 3년 이상 사업을 영위한 중소사업자가 금융기관의 부채를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지 등을 2000. 12. 31 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 조세특례제한법 제36조 및 같은법시행령 제33조의 규정에 의하여 양도소득세의 100/100에 상당하는 세액을 감면하는 것임.

2. 양도소득과세표준 확정신고기한 이후에 같은법시행령 제33조 제11항에서 규정하는 감면신청을 하는 경우에도 상기 1.의 양도소득세 감면규정을 적용받을 수 있는 것임.

○ 재일46014-1333, 1999.07.08

구조세감면규제법(1994. 12. 22, 법률 제4806호로 개정된 것) 제32조 및 같은법시행령 제29조의 규정에 의하여 사업용 고정자산을 현물출자 또는 사업양수도 방법에 의한 법인전환시 당해 사업용 고정자산에 대한 양도소득세의 감면 또는 양도가액의 특례 적용은 세액감면신청 또는 양도가액특례적용신청을 아니한 경우에도 양도당시에 같은 법령 규정상 감면요건이 충족되는 경우에는 양도소득세의 감면 또는 양도가액의 특례 적용을 받을 수 있는 것임.

○ 재일46014-1430, 1998.07.29

1. 본인은 1987. 12. 22자로 준공된 다가구주택 7가구(305.16㎡)를 신축하여 국민주택규모 이하의 6가구를 1988년부터 1997. 3. 31 양도할 때까지 9년간을 임대하고 그 보증금수입에 대한 종합소득세를 신고납부하였음. 그러나 상기 주택을 양도하고 1998. 5. 31 확정신고 기한까지 조세감면규제법 제67조 제3항의 규정에 따른 세액의 감면신청서를 제출하지 않고 세금을 전액 납부하였음. 이 경우 다음 사항을 질의함.

*** 다 음 ***

〈갑설〉 양도소득세 감면신청서를 종합소득세 확정신고기일인 1998. 5. 31까지 제출한 경우만 감면이 가능함.

（이유） 조감법 제67조 제3항에 의하여 감면을 받고자 하는 경우 세액의 감면신청을 하여야 한다 라고 규정되었기 때문에 1998. 5. 31까지 감면신청서를 제출하지 않은 경우 영원히 감면을 받을 수 없음.

〈을설〉 감면신청서를 1998. 5. 31까지 제출하지 아니하여도 감면요건에 맞으면 감면받을 수 있음.

（이유） 조감법 제67조 제3항의 규정은 협조의무로서 감면신청을 하지 아니한 경우 감면을 배제한다는 규정의 말이 없고 감면을 신청한 경우에 한하여 적용한다는 말이 없으며 이것으로 미루어 규제완화로 납세자 부담을 완화하고 세법을 잘 모르는 납세자가 감면요건에 해당됨에도 불구하고 절차적 요건인 감면신청을 하지 않아 감면이 배제되는 문제점과 조세형평성에 문제가 있기 때문임. 조감법 제43, 44, 70, 71, 73조 등은 법률부칙에(3 ①) 감면신청이 없더라도 감면받도록 조치한 바 있음.

2. 만약 감면신청서 제출이 확정신고기일내에 하지 못한 경우라도 감면받을 수 있다면 그 감면세액을 환급받기 위한 방법은.

〈갑설〉 경정(결정)청구에 의하여 가능함.

（이유） 국세기본법 제45조 제2항 의 규정에 따라 확정신고기일 이후 1년이내에 경정을 청구할 수 있다고 했기 때문임.

〈을설〉 불복청구절차에 의하여 환급받아야 함.

（이유） 국세기본법 제55조 의 규정에서 세법에 의한 처분으로서 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 이익의 침해를 당한 자는 불복(이의신청, 심사청구, 심판청구)절차를 통하여 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정되었기 때문에 경정청구 대상이 아니고 불복청구 절차에 따라 환급받아야 함.

1. 건설교통부장관이 정하는 다가구용 단독주택의 건축기준에 의한 건축허가를 받아 건축된 다가구주택을 5호(독립하여 거주할 수 있도록 구획된 각 1가구를 1호로 봄)이상 임대하는 경우로서 임대주택법에 의한 임대사업자등록이 불가한 경우라도 임대에 관한 사항을 주택의 임대를 개시한 날로부터 3월이내에 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 주택임대신고서(부가가치세법의 규정에 의한 사업자등록 한 경우를 포함)에 의하여 신고하고 그 임대기간이 5년이상 경과한 후 양도하는 경우에는 조세감면규제법 제67조 및 같은법시행령 제64조 규정에 따라 양도소득세를 50％(10년이상 임대한 경우는 100％)에 상당하는 세액을 감면받을 수 있는 것임.

2. 조세감면규제법 제67조의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 경우에 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한내에 세액감면신청서를 제출하지 아니하여도 동법 규정에 의한 감면요건에 해당하면 양도소득세를 감면받을 수 있는 것임.

3. 조세감면규제법 제67조 규정에 의한 감면요건에 해당하는 장기임대주택을 양도하고 과세표준신고 기한내에 과세표준 및 세액을 신고납부한 경우에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 국세기본법 제45조 의 2 규정에 의한 경정청구를 할 수 있는 것임.

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