가스관 이설 공사 시 손실보상금을 재원으로 지급한 공사비 관련 매입세액은 공제가능함

1. 사실관계

○ 거래흐름도

○ 한 국가스공사 경북지역본부 (이하 “가스공사”라 함)는 과세 재화인 천 연가스 공급업체로써 천연가스 이송을 위해 국유지에 가스관을 매립하여 관리하고 있음

○ 한 국철도시설공단영남본부(이하 “철도시설공단”이라 함)는 철도건 설을 주업으로 하는 공익법인으로

- 경 부고속철도 제10-1 공구 노반 신설공사와 관련하여 설치예정인 철 도 교각이 공사 구간 내 매설된 공사 소유의 가스관과 직접 접 촉될 것으로 예상하여

- 가스공사에 가스관 이설 요구 및 이에 소요되는 비용을 청구할 것을 요청함

※ 가스관 이설공사 비용부담 주체

- 도로법 제76조 (원인자부담금)에 따라 한국철도시설공단이 전액 부담

○ 가 스공사는 가스관 이설공사에 따른 공사비 수령액 495,161,000원( 공급가액)을 건 설용역제공 대가로 보아 철도시설공단에 세금계 산서를 발급하고 과세매 출로 2011.1기 확정 신고한 후,

- 동 수령액은 건설용역제공 대가가 아닌 손실보상금으로 보아 과세 매출에서 제 외하는 경정청구를 하였고

- 가 스공사가 이설 공사비로 도급업체인 토성공영(주)에 지출한 320,411,000원에 대하여는 2011년 2기 확정 신고 시 매입세액으로 공제함

가스배관 이설공사 협약서(안)

갑 : 한국철도시설공단 영남본부, 을 : 한국가스공사 경북지역본부

제2조(협약의 범위) 본 협약의 범위는 갑의 경부고속철도 제10-1공구 노반시설 기타공사로 발생되는을 소유의 가스배관에 대한 이설공사 시행과 관련한 비용부담 및 제반업무 사항으로 한다.

제4조(이설대상 및 노선 선정) 가스배관 이설대상은 갑의 경부고속철도 제10-1공 구 노반시설 기타공사에 저촉되는 가스배관으로 하며, 갑과 을이 협의한 노선 으로 가스배관을 이설하고, 공사도중 변경이 필요할 경우에는 갑과 을이 상호 협의하여 처리한다.

제 6조(이설공사비 부담) 갑은 일체의 이설비용을 우선 부담하고 을은 이설공사를 시행한다.

2. 신청내용

○ 부가가치세 과세대상이 아닌 이전비용(손실보상금)을 재원으로 가 스관 이설공사를 하면서 도급업체에 공사비를 지급하고 매입세 금계산서를 발급 받는 경우

- 공사비 관련 매입세액이 공제 가능한 매입세액에 해당하는지 여부

3. 관련법령

< 부가가치세법 2013.6.7. 개정 전, 시행령 2013.6.28. 개정 전>

○ 부가가치세법 제17조

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공 급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한 다)에서 다음 각 호 의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액 으로 한다. 다만, 매출세 액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. <개정 2010.1.1>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

6. 부 가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가 치세가 과 세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포 함한다)에 관련된 매 입세액 (투자에 관련된 매입세액을 포함한 다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

○ 소득 세법 시행령 제78조

법 제33조제1항제13호에서 "직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 사 업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득·관리함으로써 발생하는 취득비·유 지비·수선비와 이와 관련되는 필요경비

2. 사 업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지·건물등의 유지비·수선비·사용료와 이와 관련되는 지출금

○ 법인세법 시행령 제48조

① 법 인이 당해 법인외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운 영하거나 영 위함에 따라 발생되거나 지출된 손비중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 출 자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총 액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2. 제 1호 외의 경우로서 해당 조직·사업 등에 관련되는 모든 법인 등 (이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

가. 비출자공동사업자 사이에 제87조제1항 각 호의 어느 하나의 관 계가 있는 경 우 : 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총 액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사 업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도 부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한 다)에서 해당 법 인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공 동구매비 등 기획재정부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인 원수·구매 금액 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.

나. 가 목 외의 경우 : 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다.

○ 법인세법 시행령 제49조

③ 법 제27조제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1항 각호의 자산을 취득· 관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제50조

① 법 제27조제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 2009.2.4, 2010.12.30>

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주 주등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소·건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 「대·중소기 업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영 위하는 자 에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대 여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제61조

공 익사업에 필요한 토지등의 취득 또는 사용으로 인하여 토지소유자나 관계인이 입은 손실은 사업시행자가 보상 하여야 한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제75조

① 건 축물·입목·공작물과 그 밖에 토지에 정착한 물건(이하 "건축물등"이라 한다)에 대 하여는 이전에 필요한 비용(이하 "이전비"라 한다)으로 보상 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 경우에는 해당 물건의 가격으로 보 상하여야 한다.

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