피합병법인의 중소기업 유예기간 적용방법

1. 질의내용

○ 중소기업 유예기간의 적용을 받고 있는 내국법인이 중소기업 외 기업에게 흡수합병되는 경우

- 유예기 간 중에 있는 피합병법인의 의제 사업연도에 대한 법인세 신 고 시 「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항 단서규정에 따라 유예기간 적용을 배제하여야 하는 지 여부

2. 사실관계

○ 합병법인은 피합병법인을 합병등기일인 2020.3.9. 흡수합병하였고, 피합병법 인은 같은 날에 해산하였음

○ 합병법인은 중소기업 외의 기업에 해당하며, 피합병법인은 2018년까 지 중소기업 요건을 모두 충족하였으나,

- 2019년 관계기업과의 합산 매출액이 규모 기준을 초과함에 따 라 중소기업 요건을 충족하지 못하게 되어 2022년까지 중소기업 유예기간을 적용받을 예정이었음

○ 피합병법인은 2020.1.1.～2020.3.9.까지의 의제사업연도의 소득에 대 한 법인세 신고 시 중소기업 외의 기업으로 보아 이월결손금 공제한도(각 사업연도 소득의 60%)를 적용하였음

3. 관련법령

○ 조세특례제한 법 시행령 제2조

① 「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 다음 각 호의 요 건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규 모 기준(“평균매출액등”은 “매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다)이내일 것

2. (삭제, 2000. 12. 29.)

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2 호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2 호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하 는 기업”은 “매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 제1 호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업”으로 본다. 후단개정)

4. 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으 로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호( 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목의 규정 으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하 지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연 도 와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중 소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하 지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중 에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경 우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호( 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목 의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종 료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

조세특례제한법 시행령 제2조 · 법인세법 제8조