국세 부과제척기간의 특례 적용이 가능한지 여부

1. 사실관계

○ 주식회사 ☆☆☆(이하 “자문대상법인” 이라 함)는 인터넷상의 재화 및 용역의 거래공간인 ○○○을 운영하 는 회사로

- 자문대상법인은 거래를 활성화하기 위한 마케팅 프로모션 의 일환 으 로 ‘아이템쿠폰’ 및 ‘바이어쿠폰’ 제도를 시행하 여

- 이를 통하여 상품 거래가 이루어지면 그 할인액만큼의 금액을 판매 회원으로부터 지급받아야 할 수수료(매출액)에서 공제하고 부가 세 신고시 매출에누리액으로 보아 과세표준에서 차감하였음

○ 이후 □□ 세무서(이하 “자문신청관서” 라 함)는 감사원의 시정요구 에 따라 아이템쿠폰 등을 통한 할인분을 매출에누리가 아닌 판매수 수료에 해당하는 것으로 보아 부가세 과세표준에 포함하여

- 2005.1기〜2010.1기 귀속 부가세 ○○○ 백만원을 고지하였으며 판 매 수수료 손금추인 등에 따른 법인세 ○○○백만원은 자문대 상법인 의 경정청구를 통하여 환급하였음

○ 자문대상법인은 이에 불복하여 심판청구를 진행하였으며, 이에 대하여 조세 심판원은 일부인용 결정(아이템쿠폰을 통 한 할인분만 인용)하였으며

- 이에 따라 자문신청관서는 2006.1기〜2010.1기 부가 세 ○○○ 백 만원을 환급하고, 법인세 ○○○ 백 만원을 고지하였음

○ 이후 자문대상법인은 인용되지 않은 나머지 부분(바이어쿠폰분)에 대하여 소송을 진행하여. 대법원으로부터 최종 승소 판 결 을 받아 자문신청관서는 2005.1기〜2010.1기 부가가치세 ○○○ 백만 원을 환급하였음

2. 질의내용

○ 대법원 판결에 따른 부가가치세 환급 후 「국세기본법」제26조의2 제2항의 국세 부과제척기간의 특례 규정을 적용하여 이와 관련된 법인세 부과처분이 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 국세기본법 제26조의2

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이 하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우 에 는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이 하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경 우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[ 「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호 에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급· 공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈 하 거나 환 급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인 세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해 서 도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제 거 래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받 아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되 는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

가. 「소득세법」 제81조제3항제4호

나. 「법인세법」 제76조제9항제4호

다. 「부가가치세법」 제60조제2항제2호 ·제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국 세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4.〜5. (생략)

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년 , 제3호에 따른 경정 청구일 또는 조정권고일부터 2개월 이 지나기 전까지는 해당 결 정·판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따 른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판 결이 있는 경우

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하 는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 따른 상호합 의가 신청된 것으로서 그에 대하여 상호합의가 이루어진 경우

3. 제45조의2제2항 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제10조의2 제 1항 및 제19조제4항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제10조의3제1 항에 따른 조정권고가 있는 경우

③～⑤ (생략)

○ 재조세-1629, 2004.12.21.

당초 양도소득세 과세에 대해 ‘양도소득’이 아니라, ‘사업소득’이라 는 법원의 확정판결이 있는 경우 국세기본법 제26조 의 2 제2항의 규 정에 따라 그 판결에 따라 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되 기 전까지는 당초 양도소득세를 취소하고 당초 양도소득세의 부과세 액을 한도로 하여 다시 종합소득세로 과세할 수 있는 것임 .

○ 대법원2000두6237, 2002.7.23.

종전의 과세처분이 위법하다는 이유로 이를 취소하는 판결이 선 고· 확정된 후 1년 내에 과세관청이 그 잘못을 바로 잡아 다시 과 세 처분을 한 경우에는「국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제 4672호로 개정되기 전의 것)」제26조의2 제1항이 정한 제척기간 의 적용이 없다.(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결, 2002. 1. 5. 선고 2001두 9059 판결 등 참조) 원심이 같은 취지에서, 이 사건 처분은 종 전처 분 취소소송에 대한 판결이 확정된 날로부터 1년 내에 확정판결에 나온 위법사유를 보완하여 한 과세처분이므로 제척 기간을 도과 한 위법이 없다고 판단한 것은 옳고 , 거기에 상고이 유의 주장과 같은 법리오해 등의 잘못이 없으며, 또 과세관청은 납세자에게 유리한 재처분만 할 수 있을 뿐 납세자에게 불리한 재처분을 할 수 없다는 국세행정관 행이 존 재한다고 볼 수도 없다.

○ 대법원2004두11459, 2005.2.25.

구 국세기본법(1989. 12. 30. 법률 제4177호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항에 의하면, 소득세, 방위세 등은 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하는 한편, 같은 조 제2항은 행정소송법에 의한 소송의 제기 등이 있는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고, 그 판결 등이 확정된 날로부 터 1년이 경과하기 전까지는 당해 판결 등에 따라 경정결정 기타 필 요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있는바, 위 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료되면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정 결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과 과세처분에 대한 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되 어 그 판결 등이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 판결 등에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하 는 것을 방지하기 위하여 제2항이 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문 언상 과세권자로서는 당해 판결 등에 따른 경정결정이나 그 에 부수되 는 처분 만을 할 수 있을 뿐 , 판결 등이 확정된 날로부터 1 년 내라 하여 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까 지도 할 수 있는 것은 아니라고 할 것이고(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 1996. 9. 24. 선고 96누68 판결 등 참조), 또한 위 법 조항 소정의 ‘판결’이란 그 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처 분 을 행하지 않으면 안 되는 판결, 즉 조세부과처분이나 경정 거 부처 분 에 대한 취소판결 등을 의미하는 것이고, 원고의 청구를 기각 하 는 판결이나 소를 각하하는 판결은 여기에 해당하지 않는다고 할 것이 다.

○ 조심2013중4761, 2014.3.12.

「국세기본법」 제26조의2 제2항 의 규정은 결정 또는 판결이 있은 후 그에 따라 다시 부과처분을 하는 시점에서 이미 부과제척기간 이 지났다하여 그 결정이나 판결에 따른 부과처분조차 할 수 없게 된 다면 그 결정이나 판결은 무의미하게 되는 점 등을 고려하여 부 과제척기간에 대한 일정기간의 예외를 두자는 취지로서 위 규정 을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이 나 판결을 이행하기 위하여만 허용된다고 볼 수는 없다 할 것이고, 이 건의 경우는 처분청이 우리 원의 결정이 있자 그 결정이 확정 된 날로부터 1년 이내에 심판결정의 취지에 따라 그 잘못을 바로 잡 아 청구인에게 부과한 양도소득세를 취소하고, 이에 부수되는 처 분으 로 부가가치세 과세사업자인 청구인에게 부가가치세를 부과 한 것이어 서 이는 「국세기본법」 제26조의2 제2항 에 따른 적법한 처분 이라 할 수 있음 ,

○ 서울행정법원 2015구합69959, 2016.07.01.

특례제척기간은 통상제척기간이 지났음에도 불구하고 그로부터 다 시 일정 기간 과세관청에게 부과권을 행사할 기회를 부여하는 것인바, 납세자의 침해되는 권익보다 납세자에게 정당한 세액을 부담시켜 야 한다는 공평과세의 요청이 강한 경우에는 과세 관청의 이익을 위 한 재처분이 정당화될 수 있음.

과세처분이 과세단위에 의하여 구분되고 특례제척기간에 의한 재 처분은 부과제척기간이 지났음에도 불구하고 과세관청에게 다 시 처분의 기회를 부여하는 것이므로 원칙적으로 동일한 과세 단 위 내에서 재처분을 허용하는 것이 합당하다. 그러나 당초 처분과 재 처분이 동일한 과세단위가 아니더라도 상당히 밀접한 관련이 있 어 재결이나 판결에서 후속처분을 예정하고 있는 것 으로 볼 수 있고 납세자의 법적 안정성보다 공평과세의 요청이 더 강한 경우에는 예외적으로 재처분을 허용할 필요가 있음.

법인세법 제76조 · 부가가치세법 제60조 · 소득세법 제81조 · 법인세법 제67조 · 국세기본법 제26조의2