수용된 토지를 환매권을 행사하여 취득한 경우 양도소득세 환급여부

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 갑은 소유토지 2필지(경기도 남양주식 오남읍 소재)가 '08.12.16. 수용(93백만원)되어 ’08.12.29. 이에 대한 양도소득세(9백만원)를 신고․납부함

- 위 2필지의 수용토지가 도로구역에서 제외되어 사업시행자(○○공사)로부터 ’13.12.3. 환매통지를 받음(환매가액 : 97백만원)

- ’14.5.29. 위 2필지에 대해서 ○○공사로부터 환매취득하기로 계약하고 대금을 청산한 후 소유권이전등기함

- ’14.6.13. 관할세무서에 위 2필지 수용에 따른 양도소득세 기납부세액(9백만원)에 대해서 경정청구하였으나, 관할세무서는 ’14.7.18. 경정청구 거부통지함

○ 질의내용

- 수용된 토지를 환매권을 행사하여 다시 취득한 경우 기납부한 양도소득세를 환급받 을 수 있는지

2. 질의내용에 대한 자료

○ 소득세법 제88조

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관 계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)(「상속세 및 증여 세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무 를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

(이하 생략)

○ 소득세법 제98조

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분 명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득 세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

○ 소득세법 시행령 제162조

① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

(이하 생략)

○ 국세기본법 제45조 의 2

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해 당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경 정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분 이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기 한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한 다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액 의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖 의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정 이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하 여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국 세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(이하 생략)

○ 국세기본법 시행령 제25조 의 2

법 제45조의 2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어 느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거 래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거 래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해 당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부 득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소 멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제91조

① 토지의 협의취득일 또는 수용의 개시일(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다)부터 10년 이내에 해당 사업의 폐지·변경 또는 그 밖의 사유로 취득한 토지의 전부 또 는 일부가 필요 없게 된 경우 취득일 당시의 토지소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)은 그 토지의 전부 또는 일부가 필요 없게 된 때부터 1년 또는 그 취득일부터 10년 이내에 그 토지에 대하여 받은 보상금에 상당하는 금액을 사 업시행자에게 지급하고 그 토지를 환매할 수 있다.

② 취득일부터 5년 이내에 취득한 토지의 전부를 해당 사업에 이용하지 아니하였 을 때에는 제1항을 준용한다. 이 경우 환매권은 취득일부터 6년 이내에 행사하여야 한다.

③ 생략

④ 토지의 가격이 취득일 당시에 비하여 현저히 변동된 경우 사업시행자와 환매권자 는 환매금액에 대하여 서로 협의하되, 협의가 성립되지 아니하면 그 금액의 증감을 법원에 청구할 수 있다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 환매권은 「부동산등기법」에서 정하는 바에 따라 공익사업에 필요한 토지의 협의취득 또는 수용의 등기가 되었을 때에는 제3자에게 대항할 수 있다.

⑥ 국가, 지방자치단체 또는 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조 에 따른 공공 기관 중 대통령령으로 정하는 공공기관이 사업인정을 받아 공익사업에 필요한 토 지를 협의취득하거나 수용한 후 해당 공익사업이 제4조제1호부터 제5호까지에 규정된 다른 공익사업으로 변경된 경우 제1항 및 제2항에 따른 환매권 행사기간 은 관보에 해당 공익사업의 변경을 고시한 날부터 기산(기산)한다. 이 경우 국가, 지 방자치단체 또는 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조 에 따른 공공기관 중 대통령령으로 정하는 공공기관은 공익사업이 변경된 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 환매권자에게 통지하여야 한다.

○ 민법 제543조

① 계약 또는 법률의 규정에 의하여 당사자의 일방이나 쌍방이 해지 또는 해제의 권리가 있는 때에는 그 해지 또는 해제는 상대방에 대한 의사표시로 한다.

② 전항의 의사표시는 철회하지 못한다.

○ 민법 제548조

① 당사자 일방이 계약을 해제한 때에는 각 당사자는 그 상대방에 대하여 원상회 복의 의무가 있다. 그러나 제삼자의 권리를 해하지 못한다.

② 전항의 경우에 반환할 금전에는 그 받은 날로부터 이자를 가하여야 한다.

○ 재정경제부 재산세제과-94, 2005.08.18.

공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제91조 의 규정에 의하여 협의매수 또는 수용된 토지를 당해 사업의 폐지ㆍ변경 등으로 협의 매수일 또는 수용의 개시일 당시의 토지소유자가 환매권 행사로 취득한 후 이를 양도하는 경우 당해 토지의 취득시기는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의하여 환매대금을 청산한 날(대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일)임 .

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