관할군청의 지시로 민원인들에게 지급한 보상금이 법인세법상 손금에 해당하는지 여부

1. 사실관계

○ A법인은 OOO도 OO군 OO읍 OOO리에서 풍력발전단지 (이하 ‘발전단지’) 내 풍력발전시설을 통해 전력의 생산 및 판매사업 (이하 ‘풍력발전사업’) 을 영위하는 법인으로

- A법인은 2018.9.17. OOO리에서 풍력발전사업을 영위하던 B법인을 흡수합병하였음

○ B법인은 본건 발전단지 조성 당시 아래와 같은 일련의 과정을 거쳐 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제56조제1항 에 따른 개발행위 허가를 받음

- 2016.3월 : 발전단지 조성을 위한 개발행위허가 신청

- 2016.12월 : 발전단지 조성예정지 인근에 거주하고 있는 함OO 외 4인 (이하 ‘민원인’) 이 위해방지 등을 근거로 관할군청에 민원 제기

- 2017.1월 : 관할군청은 아래와 같은 조건 등을 전제로 개발행위를 허가함

허가조건

1. 본 허가서는 이행보증금 및 면허세를 납부한 날로부터 효력 발생

2. 사업면적 및 사업규모, 물량을 초과하지 말 것

3. OOO 도 도시계획위원회 및 OO군 군계획위원회 심사결과에 따른 조건사항을 반드시 이행할 것

4. 민원사항 및 타 법률 저촉사항을 우선 해결하고 착공계 제출 후 착공할 것

5. 개발행위 허가시 제출한 사업계획서 및 설계서에 의거 시행

6. 사업시행에 따른 먼지, 소음 등으로 인한 피해 및 주민의 통행, 영농에 지장이 없도록 함

(이하 생략)

- 2017.4월 : 발전단지 조성사업 착공

- 2018.6월 : 보상금 (이하 ‘쟁점보상금’) 지급 잠정 합의, 지급액 미확정

- 2018.7월 : 발전단지 준공 (준공검사필증 발급)

- 2019.6월 (합병 이후) : 쟁점보상금 22억원 지급 최종 합의서 작성

○ B법인은 2018사업연도 결산 시 발전단지 조성과 관련하여 소요된 비용을 발전단지의 취득가액에 가산하였으나

- 쟁점보상금은 지급액을 신뢰성 있게 측정할 수 없었던 관계로 발전 단지의 취득가액에서 제외하였음

2. 질의내용

○ 내국법인이 풍력발전단지 조성을 하기 위해 개발행위허가 신청을 하였으나 관할군청에서 민원사항을 해결한 후 착공계를 제출하고 착공하도록 지시한 경우

- 내국법인이 민원인들에게 지급한 보상금이 법인세법상 손금에 해당 하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 법인세법 제19조

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정 하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제56조

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 대통령령으로 정하는 행위(이하 "개발행위"라 한다)를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가(이하 " 개발행위허가"라 한다)를 받아야 한다. 다만, 도시ㆍ군계획사업(다른 법률에 따라 도시ㆍ군계획사업을 의제한 사업을 포함한다)에 의한 행위는 그러하지 아니하다.

1. 건축물의 건축 또는 공작물의 설치

법인세법 제19조