계약내용을 변경한 경우 부가가치세 계산 방법

1. 질의내용 요약

토지소유자가 조합을 구성하고 토지구획정리사업법령에 따라 조합설립인가를 받고 등기한 후 법인자격으로 사업일체를 수행하고 있는 바, 조합과 시공회사간에 체결된 계약서 내용 중 부가가치세에 대하여 당초 총사업비 213억원으로 하고 부가가치세는 별도로 표기하였다가 관할관청의 검토를 거쳐 동일한 날짜로 재작성된 공사표준도급계약서에는 계약금액 160억5천만원으로 표기되고 첨부된 도급내역서에도 부가가치세를 포함한 금액으로 표기된 경우 부가가치세는 얼마이며, 그 금액은 누가 부담하는 것인지요?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)

○ 부가가치세법 제13조

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액” 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

○ 부가가치세법 제15조

사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제14조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 한다.

나. 관련ㆍ유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사ㆍ심판례, 예규)

○ 재소비46015-82,2002.03.27

건설업을 영위하는 사업자가 공사도급계약 체결시 도급금액과 부가가치세를 별도로 지급받기로 계약 체결후 다시 부가가치세를 포함하는 것으로 계약내용을 변경한 경우에는 변경된 계약의 내용에 따라 부가가치세를 계산하는 것임. 이 경우 당해 금액에 부가가치세가 포함된 경우의 과세표준 계산은 부가가치세 기본통칙 13-48-1을 참고하기 바람.

○ 부가46015-531,2001.03.21

사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 부가가치세법 제13조 의 규정에 의한 과세표준에 동법 제14조에서 규정한 10%의 부가가치세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 하는 것임.

○ 부가기본통칙 13-48-1

사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포합되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다. (1998. 8. 1 개정)

부가가치세법 제13조