과세사업에 사용하던 토지와 건물 일괄 양도 시 토지만을 매각하기로 한 경우 건물분 부가가치세 과세표준

○ (주)▼▼(이하 “신청법인” 이라 함)은 잉크 및 컴퓨터주변기기 제조업체로 경기도 수원에 본점을 두고, 화성에 지점을 두고 있음

○ 신청법인과 △△시티외 38인(이하 “ 매수자 ”라 함) 간에 2015.10월 본사 토지 및 건물을 200억원에 매각하기로 계약을 체결하였고, 계약조건은 토지만을 매도하는 것이며, 건물 7개동은 매수자 측에서 철거하고 폐기비용도 매수자 측이 부담하는 조건이며

- 매수자 측은 현재 공장용지인 토지를 정리해 용도변경, 필지분할 후 멸실 등기까지 완료하는 등 실제로도 건물은 모두 철거되었음

○ 건물 7개동의 장부가는 약 35억원이며, 건물 중 1개동은 2010년과 2013년 약 4억원을 들여 리모델링을 한 이력이 있으며, 나머지 6개동은 10년이 초과되어 실제 재산적 가치는 없는 것으로 판단됨

○ 신청법인은 2016년 1월 제조설비 및 재고를 중국법인 및 화성지점, 향남지점(신설)으로 이전 완료하였고, 부동산 매각잔금은 2016년 4월말 수령 예상되고, 잔금수령시 해당 토지 소유권이전 됨

○ 본점의 사업자번호는 화성지점으로 승계되며(현 화성지점이 본점이 됨), 향후 화성지점을 본점으로 하고 향남지점(신설)이 종사업장으로 귀속됨

2. 질의내용

○ 사업자가 사업에 사용하던 토지와 지상건물을 일괄 양도하면서 계약서상 토지만을 매각하기로 하고 해당 건물은 양수자가 철거하기로 한 경우로서 양수자가 실제로 해당 건물을 철거한 경우 건물의 부가가치세 과세표준

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제29조

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제64조

법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. <개정 2015.2.3>

1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제2조제9호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

○ 국세기본법 제14조

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

부가가치세법 제29조 · 부가가치세법 제26조 · 국세기본법 제14조 · 소득세법 제99조 · 부가가치세법 시행령 제64조