추계신고한 개인사업자의 통합고용세액공제에 대한 2차연도 공제 가능 여부

를 적용받을 수 있는 최초 공제요건을 충족하지 못한 내국인은 해당 과세연도 종료일로부터 1년(중소기업의 경우 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도에 공제를 받을 수 없는 것임

1. 사실관계

○ 질의인은 도소매업을 주업으로 하는 중소기업으로, ‘22~‘24년 신고유형 및 상시근로자 현황은 다음과 같음

구분

2022년

2023년

2024년

기장의무/신고유형

복식부기/성실신고

복식부기/ 추계신고

복식부기/성실신고

청년 등 상시근로자 수

0.00명

0.66명

1.16명

청년 외 상시근로자 수

1.50명

2.84명

3.92명

총 상시근로자 수

1.50명

3.50명

5.08명

증감

+2.00명

+1.58명

- ‘23년 귀속 종합소득세 신고를 추계신고로 하여 통합고용세액공제를 적용하지 못함

2. 질의내용

○ 추계신고한 개인사업자가 2차연도에 고용인원이 증가하였을 때 통합고용세액공제에 대한 2차연도 공제가 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제29조의8

[법률 제20778호,2025.03.14.]

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액(제1항에 따른 공제금액 중 제144조에 따라 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액을 말한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제128조

① 「소득세법」제80조제3항 단서 또는 「법인세법」제66조제3항 단서에 따라 추계(推計)를 하는 경우에는 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3제3항, 제10조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제13조의3, 제19조제1항, 제24조, 제25조의6, 제25조의8, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제29조의8, 제30조의3, 제30조의4, 제96조의3(「소득세법」제160조에 따른 간편장부대상자는 제외한다), 제99조의12, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의25, 제104조의30, 제104조의35, 제122조의4제1항 및 제126조의7제8항을 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 거주자에 대해서는 제24조 및 제26조를 적용(투자에 관한 증거서류를 제출하는 경우로 한정한다)한다.

○ 소득세법 집행기준 80-143-10

④ 당초 법정신고기한내에 추계로 종합소득세과세표준 확정신고서를 제출하고, 이후에 장부･기장에 의한 방법으로 신고내용을 변경하여 신고서를 제출하는 것은 수정신고 및 경정청구 대상에 해당하지 않는다.

4. 관련 사례

○ 서면-2024-소득-0373, 2025.12.23.

귀 질의의 경우, 추계신고하여 「조세특례제한법」제29조에 따른

적용받을 수 있는 최초 공제요건을 충족하지 못한 내국인은 이후 경정청구 기간 내의 과세연도에 고용이 감소하지 않아 추가공제 요건을 충족하더라도 해당 과세연도 종료일로부터 1년(중소기업의 경우 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도에 추가 공제를 받을 수 없는 것입니다.

○ 서면-2024-법규소득-4153, 2025. 2. 19.

개인납세자가 「조세특례제한법」제29조의7에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용함에 있어 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도 상시근로자 수보다 증가하여 최초 공제 요건을 충족하였으나 경정청구 기간 경과로 해당 과세연도에 최초공제를 받지 못하였더라도, 이후 경정청구 기간 내의 과세연도에 고용이 감소하지 않아 추가공제 요건을 충족한 경우에는 해당 과세연도 종료일로부터 1년(중소기업의 경우 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도에 추가공제가 가능한 것입니다.

조세특례제한법 제29조의8