계산서 발급 의무가 있는지 여부

1. 사실관계

○ A법인은 ｢어촌․ 어항법｣ 제57조 에 따라 국가가 설립한 특수법인으로 어촌․어항의 개발 및 관리, 어장의 효율적인 보전 및 이용, 관련 기술의 개발·연구, 관광 활성화 등을 효율적으로 수행하기 위하여 설립된 비영리법인임

○ 해양수산부 및 지방자치단체는 ‘어촌뉴딜 300사업’ 및 ‘국가어항 관리사업’ (이하 ‘위탁사업’) 을 수행하기 위해 A법인과 위․수탁 계약을 체결하여 A법인에 사업비를 지급하며,

- A법인은 위탁사업을 수행하고, 사업비의 10% 범위 내에서 위탁수수료를 지급받음

○ A법인이 위탁사업을 수행함에 따라 발생하는 유․무형의 성과물 및 시설물은 국가 및 지방자치단체에 귀속되고,

- 사업 완료 후에는 A법인이 국가 및 지방자치단체에 사업비를 정산 하여 사업비 잔액 (발생이자 포함) 을 전액 반납함

○ 한편, A법인은 국가 및 지방자치단체로부터 위탁사업을 수행하고 위탁수수료를 지급받은 경우 부가가치세 공급가액을 국세청에 질의 하여 사업비 중 위탁수수료만 부가가치세 공급가액에 해당한다는 답변을 받음 (서면-2018-법령해석부가-3766, 2019.06.25.; 사전-2019-법령 해석부가-0291, 2019.07.22.)

2. 질의내용

○ 비영리법인이 국가 및 지방자치단체와 사업 위․수탁 계약을 체결 하여 위탁사업을 수행함에 따른 위탁수수료를 받고,

- 사업 수행에 따른 유․무형의 성과물은 국가 및 지방자치단체에 귀속되며, 위탁사업 완료 후 국가 및 지방자치단체에 사업비를 정산하여 잔액을 전액 반납하는 경우

- 국가 및 지방자치단체로부터 지급 받는 사업비 중 위탁수수료를 제외한 금액에 대하여 국가 및 지방자치단체에 계산서를 발급할 의무가 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제121조

① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급 하여야 한다.

⑥ ｢부가가치세법｣에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성·발급하였거나 매출·매입처별 세금계산서합계표를 제출한 분(分)에 대하여는 제1항 부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산서등을 작성·발급하였거나 매출·매입처별 계산서합계표를 제출한 것으로 본다.

법인세법 제121조