재개발사업시행인가일 이후 건물이 철거된 대지지분을 취득한 경우 1세대1주택 특례 적용여부

1. 질의내용

가. 사실관계

○ 2003.10월 A주택을 취득하여 거주하고 있음.

○ 재개발아파트(서울시 중구 황학동에 소재)

- 2004.12 삼일아파트로 건물 철거 후 토지 지분만 매입등기함..

- 1996.12.13. 재개발조합설립인가 및 사업시행인가일

- 2004.1.16 사업시행 변경인가

- 2006.06.09. 관리처분계획인가일(2008.4 입주예정)

※ 상기 황학동 재개발아파트는 동일한 쟁점 건이 다수 있음.

나. 질문내용

- 위의 A주택을 매도하는 경우 양도소득세 비과세 여부

2. 쟁점사항

- 위 사례와 같이 ‘도시및주거환경정비법’에 따른 주택재개발사업 진행으로 주택이 철거되고 사업시행인가일 이후에 나대지 상태의 토지를 취득한 후 2006.1.1 이후에 관리처분계획인가가 난 경우 ‘소득세법’ 제89조 제2항의 규정에 의한 “조합원입주권”을 취득한 것으로 보아 소득세법 시행령 제156조 의 2 제4항(이하 ‘쟁점조항’) 규정을 적용할 수 있는지, 아니면 관리처분계획인가일 이전에 주택을 취득한 것으로 보아 쟁점 법령의 조항을 적용할 수 없는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005.12.31. 신설)

○ 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 것) 부칙 제12조

① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용 한다.

소득세법 제89조 · 소득세법시행령 제156조