조사착수 후 수정신고시 중소기업특별세액감면 여부

1. 질의내용 요약

<사실관계>

질의자는 제조업을 영위하는 개인사업자임

종합소득에 대한 정기분세무조사를 받고 조사착수후 과세관청에서 조사결과에 대한 납세고지가 나오기 전에 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 수정 신고를 하였음. 다만, 추가적으로 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소기업특별세액감면을 적용하여 수정신고한 것임

과세관청에서는 동 감면을 적용배제하여 수정신고에 대한 미납부부분에 대하여 고지처분하였음

<질의요지>

이러한 과세관청의 감면배제처분이 적법한 것인 지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 국세기본법 제45조

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. (1994. 12. 22 개정)

○ 조세특례제한법 제128조

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의 2, 제31조 제4항제5항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. (2004. 7. 26. 개정)

2. 질의내용에 대한 자료

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 징세46101-2938(1997.11.10)

과세적부심사사무처리규정 제5조에 의한 결정전 통지를 받은 경우에도 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전이므로 국세기본법 제45조 에 의한 수정신고는 할 수 있으나, 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고서를 제출한 경우에는 동법 제49조에서 규정하고 있는 수정신고에 의한 가산세의 감면이 배제되는 것임

○ 징세46101-1651(2000.11.28)

국세기본법 제45조 제1항 본문에서 󰡒당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다󰡓함은 당해 국세의 납세고지서가 납세자에게 도달되기 전까지 과세표준수정신고서 제출할 수 있다는 것을 말하는 것임

○ 재조예46019-88(2003.03.29)

(상황)

개인사업자로서 거래처의 조사에 의하여 확인된 2001. 6. 25 거래분으로 매출 누락금액 10,000,000원을 당사에서 과세기관의 경정전에 전액 입금 산입하여 소득세를 수정신고와 함께 추가 세액을 납부했음. 추가납부세액 계산시 조세특례제한법 제7조 에 의한 중소기업특별세액감면을 적용하여 계산했으나 과세기관에서는 국세청(서일 46011-10120, 2003. 1. 29)예규에 의해서 수입금액 누락은 과소신고소득에 해당하기 때문에 조세특례제한법 제128조 제3항 에 의하여 수정신고와 관계없이 감면세액을 배제해야 한다고 함

(질의)

질의인의 의견으로는 과세기간에서 경정하기 전에 수정신고를 했기 때문에 조세 특례제한법 제7조 를 적용하여 중소기업특별세액감면을 하는 것이 타당하다고 생각되어 질의함.

조세특례제한법 제128조 제3항 에 의하여 과세관청이 경정을 하는 경우에는 과소 신고금액에 대하여 같은법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없는 것이나, 수정신고를 하는 경우는 과소신고금액에 대하여도 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임

조세특례제한법 제17조 · 법인세법 제66조 · 조세특례제한법 제128조 · 소득세법 제80조 · 조세특례제한법 제7조 · 국세기본법 제45조