일반주택은 동지역, 농어촌주택은 연접한 시의 면지역에 소재하는 경우 조특법§99의4에 따른 농어촌주택 특례 적용 가능 여부

1. 사실관계

○ 1983년 부산광역시 북구 화명동 소재 일반주택(A) 취득

○ 2010년 신청인의 배우자가 경상남도 양산시 원동면 영포리 소재 농어촌주택(B) * 신축

* 조특법§99의4①(1)에 따른 농어촌주택 요건을 충족함을 전제

○ 2024.11월 일반주택(A) 양도

2. 질의요지

○ 일반주택은 부산광역시의 동지역에 소재하고 농어촌주택은 양산시의 면지역에 소재하는 경우 조특법§99의4에 따른 농어촌주택 특례 적용 가능 여부

3. 관련 법령

□ 소득세법 제89조

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도 소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合) 으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가 주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1 세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

□ 조세특례제한법 제99조의4

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2025년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설 하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아「소득세법」제89조제1항제3호를 적용한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택 (이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

가. 취득 당시「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」제2조 제13호에 따른 기회발전특구(같은 법 제2조제12호에 따른 인구감소 지역, 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호 에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의11에서 "기회발전특구"라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

1) 수도권지역. 「접경지역 지원 특별법」 제2조 에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 에 따른 도시지역. 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호에 따른 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

3) 「주택법」 제63조의2 에 따른 조정대상지역

4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 에 따른 허가구역

5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령 으로 정하는 지역

나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액( 「소득세법」 제99조 에 따른 기준 시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령 으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

② 삭제 <2007.12.31>

③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면 에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다 .

④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다.

⑤ 1세대가 수도권 내 「주택법」 제63조의2제1항제1호 에 따른 조정대상지역에 소재하는 2주택(양도하는 시점의 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격을 합산한 금액이 6억원 이하인 경우에 한정한다)만을 소유하는 경우로서 2020년 12월 31일까지 그 중 1주택을 양도하고 「소득세법」 제105조제1항제1호 본문에 따른 기간 내에 농어촌주택등을 취득하는 경우에는 같은 법 제104조제7항을 적용하지 아니하고, 「소득세법」 제95조제2항 에 따른 장기보유 특별공제액을 공제받을 수 있다.

⑥ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택 등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우 또는 제5항에 따른 양도 소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유 하지 아니하거나 최초 보유한 기간 3년 중 농어촌주택등에 2년 이상 거주하지 아니한 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유 또는 거주하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도 소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑦ 제1항, 제4항 및 제5항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다.

⑧ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유 기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

□ 조세특례제한법 시행령 제99조의4

① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 「소득세법」 제88조제6호 에 따른 1세대를 말한다.

② 법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 "대통령령 으로 정하는 동"이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동으로서 보유 하고 있던 일반주택이 소재하는 동과 같거나 연접하지 아니하는 동 을 말한다.

□ 지방자치법 제3조

③ 특별시ㆍ광역시 및 특별자치시가 아닌 인구 50만 이상의 시에는 자치구가 아닌 구를 둘 수 있고, 군에는 읍ㆍ면을 두며, 시와 구(자치구를 포함한다)에는 동을, 읍ㆍ면에는 리를 둔다.

④ 제10조제2항에 따라 설치된 시에는 도시의 형태를 갖춘 지역에는 동을, 그 밖의 지역에는 읍ㆍ면을 두되, 자치구가 아닌 구를 둘 경우 에는 그 구에 읍ㆍ면ㆍ동을 둘 수 있다.

□ 지방자치법 제10조

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역은 도농(都農) 복합형태의 시로 할 수 있다.

1. 제1항에 따라 설치된 시와 군을 통합한 지역

2. 인구 5만 이상의 도시 형태를 갖춘 지역이 있는 군

3. 인구 2만 이상의 도시 형태를 갖춘 2개 이상의 지역 인구가 5만 이상인 군. 이 경우 군의 인구는 15만 이상으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖추어야 한다.

4. 국가의 정책으로 인하여 도시가 형성되고, 제128조에 따라 도의 출장소가 설치된 지역으로서 그 지역의 인구가 3만 이상이며, 인구 15만 이상의 도농 복합형태의 시의 일부인 지역

□ 조세특례제한법 시행령 별표 12

고향주택 소재 지역 범위(제99조의4제2항 관련)

구분

시 (26개)

충청북도

제천시

충청남도

계룡시, 공주시, 논산시, 보령시, 당진시, 서산시

강원특별자치도

동해시, 삼척시, 속초시, 태백시

전라북도

김제시, 남원시, 정읍시

전라남도

광양시, 나주시

경상북도

김천시, 문경시, 상주시, 안동시, 영주시, 영천시

경상남도

밀양시, 사천시, 통영시

제주도

서귀포시

비고: 위 표는 「통계법」 제18조 에 따라 통계청장이 통계작성에 관하여 승인한 주민등록인구 현황(2015년 12월 주민등록인구 기준)을 기준으로 인구 20만명 이하의 시를 열거한 것임.

조세특례제한법 제99조의4