완전자회사간 무증자합병의 경우 피합병법인 주식가액의 세무처리 방법

1. 사실관계

○ 자문대상법인의 완전자회사인 A법인(합병법인)은 ’19년 자본잠식상태에 있는 다른 완전자회사들을 피합병법인으로하여 무증자 흡수합병을 진행함

○ 자문대상법인은 ’19사업연도에 합병으로 소멸된 피합병법인 주식의 취득가액 **억원을 손금산입하여 경정청구

2. 질의내용

○ 내국법인의 완전자회사 간 무증자합병으로 모회사가 보유한 피합병법인 주식이 소멸하는 경우 피합병법인 주식가액의 세무처리 방법

3. 관련법령

○ 법인세법 제19조

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제72조

(2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 것)

② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등: 종전의 장부가액에 법 제16조제1항제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조제8호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조제2항제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액

⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

1의3. 법 제44조제3항제2호에 따른 합병으로서 합병법인으로부터 합병대가로 취득하는 주식등이 없는 경우에는 해당 피합병법인 주식등의 취득가액(주식등이 아닌 합병대가가 있는 경우에는 그 합병대가의 금액을 차감한 금액으로 한다)을 가산한 금액

○ 법인세법 제44조

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

법인세법 시행령 제72조