건물신축을 위한 터파기 공사 중 폐기물처리와 관련된 매입세액의 공제 여부

1. 사실관계

○ ㈜◇◇동수(이하 “질의법인” 또는 “매수인”)는 건설업(건설업 및 건물신축 판매업)을 영위하고 있는 중소기업으로서

- 2014년 4월 8일 ㈜☆☆중공업(이하 “매도인”)과 부동산 매매계약을 체결하여 건축물 신축을 위한 토지 2필지(나대지, 이하 “본건토지”)를 취득하였음

○ 취득 조건으로는 매매계약서 제5조(하자담보책임) 제2호 단서 조항에서

- “갑(매도인)은 을(매수인)이 공사 착공시 지하 매설물 등 폐기물이나 폐기물로 인한 토양오염을 발견하였을 경우 이로 인한 처리비용 발생시 갑은 을에게 처리비용을 지급한다“는 조건의 약정에 따라 본건토지를 취득하였음

○ 그 후 질의법인은 ▽▽건설(주)(이하 “A건설”)와 건축물 신축계약을 체결하여 A건설로 하여금 건물신축을 위한 터파기 공사를 진행하도록 하였으며

- 그 과정에서 본건토지의 지하에 폐기물이 매설되어 있음이 확인되어 A건설과 별도의 폐기물처리 용역계약을 체결하여 A건설로 하여금 폐기물을 처리하도록 하고 관련 매입세금계산서를 수취하였음

- 이에 따라 질의법인은 토지매매계약서 제5조제2호 단서의 규정에 의거 토지매도자에게 그 비용을 청구하여 수령하였고 현재 폐기물 처리가 완결될 때까지 계속 처리중에 있음

○ 질의법인은 건축주 입장에서 폐기물처리비용에 대한 매입세금계산서를 수취하여 매입세액공제를 받을 수 있는지 여부가 불분명하여 질의하게 됨

2. 질의내용

○ 사업자가 건물신축을 위한 터파기 공사를 공사업체에 의뢰하였고, 해당 공사업체가 해당 공사를 진행하던 중 지하에 폐기물이 매설되어 있음이 확인되어 해당 공사업체와 별도로 폐기물처리용역계약을 체결하여 수행하도록 한 후 해당 건설업체로부터 세금계산서를 발급받은 경우 해당 세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제11조

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조

법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

부가가치세법 제11조 · 부가가치세법 제38조 · 부가가치세법 제39조 · 부가가치세법 시행령 제38조 · 부가가치세법 시행령 제80조