판결에 의하여 교원에게 급여를 추가지급하며 원천징수하는 경우 부과제척기간

1. 사실관계

○ 학교 에서 근무한 교원 A는 ’05.3.1. 임용되어 ’23.8.31. 정년퇴직함

- ’ 22.6.15. 임용 당시 초임호봉 획정에 오류가 있음을 알게 되어 호봉 정정 (20호봉→24호봉) 을 신청하였으나, 교원소청심사위원회에서 거부됨

- ’25.1.22. 행정소송 인용되어 근무기간 (’05∼’23년) 동안 추가 급여 98,496,960원을 질의학교가 수령하였고, 질의학교는 원천징수 후 교원 A에게 지급하고자 함

2. 질의요지

○ 호봉 정정을 인용하는 법원 판결에 따라 교원에게 급여를 추가로 지급하며 원천징수하는 경우, 적용가능한 국세부과제척기간

3. 관련법령

○ 국세기본법 제26조의2

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호 에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년

○ 舊 국세기본법 제26조의2

('17.12.19. 법률 제15220호 )

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년 <2017.12.19. 신설>

○ 국세기본법 부칙 <제15220호, 2017.12.19>

제2조(국세부과의 제척기간에 관한 적용례 등)

① 제26조의2제2항제4호 및 제5호의 개정규정은 이 법 시행 이후 제26조의2제2항제3호에 따른 경정청구 또는 조정권고가 있거나 판결이 확정되는 경우부터 적용한다.

② 이 법 시행 전에 제26조의2제1항에 따라 제척기간이 만료된 경우에는 제26조의2제2항제4호 및 제5호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

국세기본법 제26조의2