경정시 감면세액의 계산

서면인터넷방문상담2팀-2133 (2004. 10. 22.)

종류: 예규
안건번호: 서면인터넷방문상담2팀-2133
회신일: 2004. 10. 22.
소관: 국세청

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과세관청이 경정하면서 감면세액을 재계산하는 경우 부당과소신고 금액은 당해 감면대상 소득에서 제외된다. 당시 조세특례제한법 제128조 제3항은 법인세법 제66조 제2항에 따라 경정할 때 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대해서는 제6조·제7조 등 감면규정을 적용하지 않도록 정하고 있고, 같은 법 시행령 제122조는 그 과소신고금액을 법인세법시행령 제118조의 부당과소신고금액으로 규정한다. 질의 사례는 1차연도 100% 감면 법인이 특수관계자로부터 시가 200인 자산을 300에 고가매입해 익금산입 100(기타사외유출)·손금산입 100(△유보)으로 조정한 뒤, 2차연도 자산 처분 시 △유보 추인 익금산입 100을 누락한 경우로, 특수관계자 고가매입 세금 문제에서 부당행위계산부인에 따른 부당과소신고금액은 감면대상 소득에서 빼고 감면세액을 다시 계산해야 한다.

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【요지】

과세관청이 경정시 감면세액을 재계산하는 경우 부당과소신고 금액에 대하여는 당해 감면대상 소득에서 제외되는 것임

【전문】

1. 질의내용 요약

1차 연도에는 100% 감면, 2차연도에는 감면받지 아니한 법인이 1차연도에 시가 200인 자산을 특수관계자로부터 300에 고가 매입하여 세무조정으로 (1차연도) 익금산입(부당행위 부인) 100(기타사외유출) / 손금산입(자산감액) 100(△유보) 처분하고, 2차 연도에 당해 자산을 처분하였으므로 익금산입(△유보 추인) 100 (유보) 하여야 하나, 이와 같은 세무조정 사항을 누락한 경우

- 경정 시 위 사례에 있어 조세특례제한법 제128조 제3항 등의 적용방법

(갑설) 1차연도 : 위 세무조정 (세액 영향 없음)

2차연도 : 익금 산입 금액 상당 세액 추징

(을설) 1차연도 : 위 방법으로 세무조정하고, 익금산입 금액 감면 배제하여 추징

⇒ 1차․2차연도에 동시 추징으로 이중과세?

2차연도 : 갑설과 동일

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제128조

【추계과세시 등의 감면배제】

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의 2, 제31조 제4항제5항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. (2004. 7. 26. 개정)

○ 조세특례제한법시행령 제122조

【과소신고소득금액의 범위】

법 제128조 제3항에서 “대통령령이 정하는 과소신고금액”이라 함은 법인의 경우에는 법인세법시행령 제118조 의 규정에 의한 부당과소신고금액을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다. (1998. 12. 31 개정)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제143조

【구분경리】

① 내국인은 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의 2, 제31조 제4항제5항, 제32조 제4항, 제55조의 2 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조, 제102조, 제104조의 9, 제121조의 2, 제121조의 4, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제122조와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. (2004.10.5. 개정)

② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 영위하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 자산부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다. (2002. 12. 11 개정)

○ 법인세법 제59조

【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다. (2001. 12. 31 후단개정)

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다) (1998. 12. 28 개정)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제 (1998. 12. 28 개정)

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. (1998. 12. 28 개정)

4. 제58조의 3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. (2003. 12. 30. 신설)

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. (2001. 12. 31 개정)

【관련법령】

법인세법 제66조 · 조세특례제한법 시행령 제122조 · 법인세법시행령 제118조 · 조세특례제한법 제143조 · 조세특례제한법 제128조 · 소득세법 제80조 · 법인세법 제59조

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