리서치/예규질의회신

지방이전 세액감면 배제시 중소기업특별세액 감면신청서 제출시기

법인세과-3087 (2008. 10. 24.)

종류
예규
안건번호
법인세과-3087
회신일
2008. 10. 24.
소관
국세청
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지방이전 중소기업 세액감면을 적용받다 감면요건 미비로 감면이 배제되는 경우, 당초 신고 시 제출하지 않았더라도 경정결정 시 중소기업특별세액 감면신청서를 제출하고 감면요건이 충족되면 세액감면을 적용받을 수 있다. 질의 법인은 서울에서 20년간 중소제조업을 영위하다 2001년 4월 수도권 외 지역으로 이전해 조특법 제63조 감면을 적용받았으나, 2006년 4월 본사를 서울로 재이전해 감면세액 추징사유가 발생했다. 조특법 제127조 제5항은 동일 사업장·동일 과세연도에 제7조와 제63조 등 둘 이상의 감면규정이 적용될 수 있으면 그 중 하나만 선택하도록 정하고 있어, 지방 이전 후 다시 서울로 옮겨 추징되는 2001~2004 사업연도에 대해 제63조 감면을 배제하고 제7조 중소기업 특별세액감면으로 변경 적용하는 것이 가능하다. 이는 서면2팀-229 등 당시 선례와 같은 취지다.

요지

지방이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용받은 법인이 감면요건 미비로 감면이 배제되는 경우 경정결정시 중소기업특별세액 감면신청서를 제출하고 감면요건이 충족되는 경우 세액감면 적용이 가능함

전문

[ 관련 첨부서류 ]

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 당 법인은 서울시에서 20년간 중소제조업을 영위하다 '01.4월 수도권 외 지역으로 이전하고 조특법§63의 지방이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용받음

- '06.4월 본사를 서울로 이전하여 조특법§63②에 의해 감면받은 세액의 추징사유가 발생됨

○ 질의요지

- ' 01~‘04 사업연도에 대해 조특법§63의 감면을 배제하고, 조특법§7의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하는 경우 감면신청서 제출시기

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제127조

중복지원의 배제

① ~ ④ 생략

⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조 , 제12조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의 2, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제85조의 6, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항과 제121조의 2 또는 제121조의 4의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.

⑥ ~ ⑧ 생략

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-229('05.02.01)

귀 질의의 경우 법인이 조세특례제한법 제6조 의 창업중소벤처기업에 대한 세액감면을 적용함에 있어 감면요건 미비로 세액감면이 배제될 경우 같은법 제7조의 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용받고자 하는 경우, 그 감면신청서를 당초 신고시 제출하지 않고 경정결정시 감면신청을 하는 경우 감면요건이 충족되면 세액을 감면하는 것임.

○ 법인46012-518(2001.03.10)

조세특례제한법 제6조 의 규정에 의한 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용받은 제조업을 영위하는 중소기업이 감면요건의 미비 등으로 동조의 세액감면이 배제되는 사업연도에는 중소제조업 등에 대한 특별세액감면 신청서를 제출하여 같은법 제7조(2000. 12. 29 개정전)의 규정을 적용받을 수 있는 것임

○ 서면2팀-1853(2005.11.21)

조세특례제한법 제127조 제4항 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)의 세액감면과 투자세액 공제 간 중복배제여부 판정은 과세연도 단위로 결정하는 것으로서 창업세액감면 적용대상기간 중 동 세액감면을 적용받지 아니하는 경우 같은 항의 규정에 의한 다른 투자세액공제를 적용받을 수 있는 것임

○ 서면1팀-199(2004.02.06)

과세표준신고서를 법정신고기한내 제출한 자는 조세특례제한법 규정의 세액공제를 세액감면으로 변경하여 경정청구 가능함

○ 법인46012-2154(1999.06.07)

법인세 과세표준신고서를 법정 신고 기한내에 제출한 법인이 당해 사업 연도에 적용하였던 투자세액공제 조항을 변경하여 적용하고자 하는 경우 로서 당해연도의 납부세액에는 변동이 없더라도 이월되는 공제세액의 증가로 인하여 그 다음 사업연도 이후 납부세액이 감소되는 경우에는, 국세기본법 제45조의2 의 규정에 의한 경정 등의 청구를 할 수 있는 것임 .

○감심99-300(1999.09.21)

중소제조업 등에 대한 특별세액감면에 있어 그 감면신청서를 당초 신고시 제출하지 않고 경정청구시 감면신청해도 감면됨

관련법령

국세기본법 제45조 · 조세특례제한법 제127조 · 조세특례제한법 제6조

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