공동구를 설치하고 부담한 분담금 관련 매입세액 공제 여부

1. 사실관계

○ ◇◇◇(이하 “시행자”라 한다)과 ☆☆(이하 “신청인”이라 한다) 및 III(주), (주)KKK, SSS(주), (주)LLL, MMM(주)(이하 시행자, 신청인을 포함하여 “점용예정자”라 한다)이『공동구 설치사업 협약서』에 따라 송도국제신도시5⋅7공구내 공동구(이하 “쟁점공동구”라 한다) 설치를 위한 협약 체결

○ ‘시행자’란 점용예정자를 대신하여 쟁점공동구 건설공사를 시행하는 자이고, ‘점용예정자’란 쟁점공동구에 수용될 상수도시설, 중수도시설, 전기공급시설, 지역난방공급시설, 통신시설, 쓰레기 송수시설 및 U-City관련시설의 관리자를 의미

○ 쟁점공동구 건설공사 범위 : 공동구 건설과 관련하여 조사, 설계 및 토목구조물공사(출입구, 환기구, 집수정, 분기구, 분기접속맨홀)와 공동구 운영에 필수적인 부대시설공사(전기설비, 환기설비, 소방 및 방재설비, 접지설비 등)로 함(공동구 길이 : 5.7㎞)

○ 업무 분담

- 시행자 : 사업시행을 위한 제반 인⋅허가 업무, 조사, 설계 및 설계변경업무, 계약 및 공사시행업무

- 점용예정자 : 시행자의 요청이 있을 경우 시행자의 업무에 관하여 협조 및 자료 제공

○ 사업비 분담 및 부담비율

- 공동구 사업비는 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령｣ 제38조제2항 에 따라 시행자와 점용예정자가 분담하며, 그 분담비율은 각 시설별 점용예정면적에 의하여 산출

- 공동구 설치에 관하여 점용예정자의 분담금은 공동구 총사업비에서 국가의 보조금을 차감한 잔여사업비를 공동구 점용예정자의 부담비율에 따라 부담

○ 공동구 사업비 납부 : 점용예정자는 당해공사의 공동구사업비를 납부통지서에 따라 시행자에게 납부하며, 시행자는 공동구 사업비를 수납

○ 사업비 정산 : 시행자는 공구별 사업 준공 후 3개월 이내에 점용예정자로부터 납부된 사업비를 정산하여 점용예정자에게 통지하고, 준공도서 1부 제공

○ 공사 감리

- 점용예정자는 원활한 공사추진을 위하여 담당직원을 선임하여 공사시행에 적극 협조

- 시행자와 점용예정자간에 협의체를 구성, 시설물의 원활한 수용 기능 확보를 위해 필요시 현장 확인 가능토록 함

○ 공동시설 유지관리 : 시행자는 점용예정자와 협의하여 “공동구 유지관리지침”을 작성함

○ 협의 및 중재 : 시공 중 공정관리 및 문제점 해결을 위한 상호 협의체제 구축

○ 쟁점공동구 협의체 구축

- 시행자와 점용예정자는 쟁점공동구 설치사업기간 동안 공동구 협의체 구성

- 협의체는 설계 및 시공관련 업무협의, 문제점 발생시 해결방안 수립, 협약서에 의한 수행업무 세부사항 협의, 분담사업비 납부시기 및 금액 검토 등

○ 완공된 공동구는 지방자치단체에 무상 귀속

2. 신청내용

점용예정자가 송도국제도시5⋅7공구 내 공동구를 설치하는 시행자에게 분담금을 납부하고 발급받은 세금계산서 관련 매입세액 공제 여부

3. 관련법령

부가가치세법 제16조

부가가치세법시행규칙 제18조 · 부가가치세법 제16조