외국인투자기업이 감면기간중에 합병시 투자비율의 적용

1. 질의내용 요약

1. 사실관계

당사 (이하 “갑”이라 함)는 미국법인이 전액 출자하고 있는 외국인투자기업으로서 조세특례제한법 제121조 의 2 규정에 의한 조세감면을 득하고 인가된 사업에서 발생하는 소득에 대하여는 법인세를 감면받고 있음.

한편, 갑은 1999. 7. 1 개시하여 2000. 6. 30 자로 종료하는 사업연도 중에 국내에 소재하는 타 외국인투자기업(이하 “을”이라 함)을 흡수합병하였으며, 합병 대가로 신주를 발행하였음. 합병전 갑의 자본금은 100억원이었으며, 합병으로 인한 유상증자를 통하여 자본금은 10억원 증가하여, 증자후 현재 갑의 자본금 총금액은 110억원임.

을은 갑과 동일한 미국법인에 의해 전액 투자된 법인이었으며 조세특례제한법상의 외국인투자에 대한 법인세 감면대상 법인은 아니었음. 즉, 합병후 갑의 주주는 합병전의 갑의 주주와 동일한 미국법인이며, 지분율은 100％임.

2. 질의내용

조세특례제한법 제121조 의 2 제2항의 규정에 의하면, 법인세 감면대상 세액은 다음과 같이 계산됨.

※ 감면대상 세액＝{산출세액×(감면사업 과세표준÷총과세표준)}×외국인투자비율×감면율

한편, 같은 사업연도 중에 타 외국인투자기업인 을을 흡수합병하였고 이에 대한 합병대가로서 신주를 발행하였음. 이러한 상황하에서 합병법인인 갑의 동 사업연도에 대한 법인세 감면세액을 계산함에 있어서 적용되어야 할 외국인투자비율에 대하여 다음과 같이 양설이 있어 질의함.

〈갑설〉 갑은 법인세 감면세액을 계산함에 있어서 합병 이전의 외국인투자비율을 적용하여야 함.

（이유） 비록 조세특례제한법 제121조 의 2(2000. 12. 29 개정전)의 규정이 합병 등으로 인하여 외국인투자비율이 달라지는 경우에 대하여는 구체적으로 언급하고 있지는 않으나, 동 감면규정의 취지를 살펴볼 때, 합병 등의 원인에 의해 기존의 감면대상소득에 대한 감면세액 자체가 영향을 받아서는 안될 것임.

즉, 합병법인인 갑은 합병후의 법인세 감면세액을 계산함에 있어서 감면대상 사업(종전 갑이 영위하던 사업)과 기타의 사업(종전 을이 영위하던 사업)을 이미 구분하여 감면대상 사업에만 조세감면을 적용하고 있으므로, 합병후의 외국인투자비율(100억원/110억원)을 적용하는 경우에는 감면세액 그 자체가 합병으로 인하여 희석화되는 현상이 발생하게 되는 바, 이는 당초의 외국인투자기업에 대한 감면취지에 반하는 것으로 생각됨.

다시 말하면, 합병후 법인세 감면세액을 계산함에 있어서 합병전 외국인투자비율인 100％(100억원/100억원)을 적용하는 것이 조세특례제한법의 취지상 타당하며, 합병후 외국인투자비율인 90.9％(100억원/110억원)을 적용하는 것은, 소득구분을 통하여 종전의 을이 영위하던 사업부문에 대한 법인세 산출세액이 감면대상 세액에서 원천적으로 제외됨에도 불구하고, 감면대상 사업에 대한 법인세 감면금액의 일부(9.1％)가 부당하게 감면이 배제되는 효과를 가져오는 것임.

이와 관련하여, 2000. 12. 29에 신설된 조세특례제한법 제121조 의 2 제2항의 단서조항에 따르면, “외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면중인 외국인투자기업 제외)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용”하도록 규정하고 있음. 이는 감면세액을 계산함에 있어서 있을지도 모를 계산수식상의 혼란을 없애기 위한 확인규정임에 비추어 볼 때, 동 단서조항의 신설 이전에 발생한 합병에 대하여도 합병전의 비율을 적용하는 것이 타당하다고 판단됨.

〈을설〉 갑은 법인세 감면세액을 계산함에 있어서 합병 이후의 외국인투자비율(인가된 자본금/총자본금)을 적용하여야 함.

（이유） 합병 당시의 조세특례제한법 제121조 의 2의 규정(2000. 12. 29 개정전)이 합병 등으로 인하여 외국인투자비율이 달라지는 경우에 대하여 구체적으로 언급하고 있지 않으므로, 동법상에서 포괄적으로 규정하고 있는 계산수식이 엄격히 적용되어야 함. 즉, 갑의 법인세 감면세액의 계산에 있어서 비록 인가내, 인가외 사업이 소득구분절차를 통하여 일단 분리되었다 하여도, 외국인투자비율은 갑의 사업연도말 현재 총자본금을 기초로 하여 재계산되어 90.9％(100억원/110억원)이 되어야 하는 것임.

조세특례제한법 제121조 · 조세특례제한법 제121조의2