지정지역내 농지 양도의 경우 기준시가 적용 여부

※ 붙임 : 관련 조세법령 및 기존 질의회신문

1. 질의내용 요약

○ 내 용

「한국농촌공사 및 농지관리기금법」의 규정에 의하여 영농규모화기업의 일환으로 한국농촌공사가 시행하는 농지매매사업에 따라 지정(투기)지역 소재하는 농지를 한국농촌공사에 2006.06.28. 매매계약을 체결한 후 2006.07.30. 잔금을 받고 양도하였음

○ 질 의

① 「조세특례제한법」 제85조 규정의 내용 중 “「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업 시행자 에게 양도(수용되는 경우 포함)”에는 「한국농촌공사 및 농지관리 기금 법」의 규정에 근거하여 영농규모화기업의 일환으로 한국농촌공사가 시행 하는 농지매매 사업에 의하여 지정(투기)지역 소재 농지를 한국농촌공사에 양도한 경우에도 “그 밖의 법률 에 의하여 당해 사업시행자에게 양도”된 것으로 보아 「조세특례제한법」 제85조 규정을 적용하여 양도소득세를 기준시가로 신고할 수 있는지 여부

② 양도일은 소유권이전등기 서류를 넘겨준 날과 매매대금의 잔금을 지급받은 날 중 어느 날이 되는지 여부와 양도소득세 예정신고기한은 언제인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제85조

거주자가 「소득세법」 제104조 의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 「소득세법」 제104조 의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 「소득세법」 제104조 의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 「소득세법」 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조 의 3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조 의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날 (2004. 12. 31. 신설)

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조 의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날 (2004. 12. 31. 신설)

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 (2004. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 제96조

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다 . (2005. 12. 31. 개정)

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호 의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가 에 의한다 . (2005. 12. 31. 개정)

1. - 6. 생략

7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우 (2005. 12. 31. 개정)

8. 이하 생략

○ 소득세법 제104조 의 2

① 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였 거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설)

② 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호와 제2호에서 “지정지역 안의 부동산” 이라 함은 제1항의 규정에 의한 지정지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동 산을 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

③ 제1항의 규정에 의한 지정지역의 지정과 해제 그 밖의 필요한 사항을 심의하기 위하여 재정경제부에 부동산가격안정심의위원회를 둔다. (2005. 12. 31. 신설)

④ 제1항의 규정에 의한 지정지역의 해제 기준 및 방법, 부동산가격안정심의위원회의 구성 및 운용 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 부칙 제21조

(2005. 12. 31. 법률 제7837호)

이 법 시행 당시 종전의 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의하여 재정경제부장관이 지정한 지역은 제104조의 2의 개정규정에 의하여 지정된 지정지역으로 본다.

○ 소득세법 제98조

자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)

○ 소득세법 시행령 제162조

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외 하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소 득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다 . (1998. 12. 31. 개정)

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정)

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 이하 생략

○ 소득세법 제105조

① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다 . (2003. 12. 30. 개정)

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 . 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항 의 규정에 의한 거래계약허가구역안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다. (2002. 12. 18. 단서개정)

2. 생략

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다. (1999. 12. 28. 개정)

③ 제1항의 규정은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 때에도 적용한다. (1994. 12. 22. 개정)

○ 소득세법 제94조

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12. 29. 개정)

2. 이하 생략

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-459 (2006.03.03.)

「소득세법」 제96조 제1항 제7호 의 규정에 의한 “지정지역”에 소재하는 부동산 의 경우 그 지정일 이후 최초로 양도하는 분부터 실지거래가액을 적용하여 양도 차익을 산정하는 것이며 , 같은법 시행령 제168조의 3 제1항 제1호 내지 제3호 의 규정에 의한 지정지역의 경우 주택 및 그 부수토지의 양도에 대하여 실지거래 가액을 적용하는 것임.

○ 서면4팀-1466 (2004.09.18.)

1. 양도소득에 대한 소득세가 과세되는 자산의 양도라 함은 과세대상 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도ㆍ교환ㆍ법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는 것으로,

2. 부동산을 매각하고 당해 거래대금의 청산 완료 및 소유권이전등기가 종료된 경우에는 양도소득세가 과세되는 것이며, 이 경우 양도시기는 당해 자산의 대금 을 청산한 날이 원칙이나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일이 양도시기가 되는 것임 .

3. 부동산 매매시 매매의 법적 효력 발생일에 대한 문의는 국세종합상담센터의 업무범위가 아니므로 정확한 답변을 할 수 없으니 관련문의는 법률전문가에게 도움을 받기 바람.

4. 우리청 기 질의회신문(재일 46014-1872, 1998.9.26.)을 참고바람.

○ 서면4팀-1894 (2005.10.17.)

「소득세법」 제94조 제1항 제1호 ㆍ제2호 및 제4호에서 규정하는 자산에 대한 양도소득과세표준 예정신고납부세액공제는 같은법 시행령 제162조의 규정에 의한 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 예정신고와 함께 세액을 자진 납부하는 경우에 한하여 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제하는 것임.

( 이 하 여 백 )

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