불공정합병의 경우 합병법인이 피합병법인에게 지급한 양도가액 산정방법

1. 질의내용

○ 합병당사법인이 불공정한 비율로 합병하였으나 적격합병 요건을 충족하여 양도손익이 없는 것으로 한 이후, 적격합병 사후관리 요 건을 위반하여 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 순자산시가와의 차액을 익금 또는 손금에 산입함에 있어

- 피합 병법인에 지급한 양도가액으로서 피합병법인에게 교부한 주식의 시 가가 불분명하여 상증법상 평가방법에 의하여 해당 주식을 평 가할 경우 구체적인 평가방법이 무엇인지

2. 사실관계

○ A법인은 2017. 6. 7. 설립되어 소프트 웨 어 개발업을 영위하는 법인으로 일본 기업인 LINE Corp 이 A 법 인 의 지분 100%를 보유하고 있으며

- A법인은 2017.7월 주식회사 넥스트플로어(이하 ‘B법인’) 지분 51%를 취득함.

○ B법인은 2017년 중 주식회사 넥스트플로어지하연구소 (이하 ‘C법인’) 주식 100%를 취득하였으며

- 2018. 8.17. B법인을 합병법인으로, A법인과 C법인을 소멸법인으로 하는 흡수합병을 하고, 합병법인의 상호를 라인게임즈 주식회사(이하 ‘합병법 인’)로 변경함

○ A법인의 1주당 주식가액은 상증세법상 보충적 평가방법에 의하면 578,415원으로 평가되었으나

- 상증세법상 평가액은 향후 매출 증대에 따른 손익가치를 반영하고 있지 않아 실제 기업가치와 차이가 있다고 판단하여 현금흐름할인 법 (DCF법)에 따라 평가한 가액인 725,985원을 합병비율 산정 시 사 용하였으며

- 합병법인의 1주당 주식가액은 2018.6.11.에 있었던 특수관계 없는 일본 법인과 개인주주와의 매매사례가액(지분율 2.48%, 1주당 657,000 원) 에 근 거하여 657,000원으로 평가하여

- 합병비율은 1 : 1.105 (725,985원 / 657,000원)으로 산정되었고, 합 병법인은 A법인에 합병신주 219,232주를 교부하였음

○ 상기 합병비율은 피합병법인인 A법인의 1주당 주식가치를 산정함에 있어서 시가에 해당하는 상증세법상 평가액보다 높은 가액을 적용하 여 평가함으로써 불공정한 비율로 합병한 경우에 해당하며

- 합병법인 주주인 A법인이 피합병법인의 주주인 LINE Corp에 이 익을 분여한 것으로 보아 LINE Corp의 기타소득으로 원천징수하였으며

- 합병 당사법인은 본 합병이 「법인세법」 제44조제2항 각 호의 요건을 모두 충족한 것으로 판단하여 합병과세특례신청서를 제출하였음

○ A법인의 주주인 LINE Corp은 2020.12.28. 합병으로 교부받은 주식 전부를 현물출자하였으며

- 이는 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내에 합병법인으로부터 받은 주식을 처분한 것으로서 「법인세법」 제44조의3제3항제2호 의 사유에 해당하여

- 합병법인은 「법인세법」 제44조의3제4항 에 따라 피합병법인에 지 급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와 의 차액을 익금 또는 손금에 산입하여야 함

3. 관련법령

○ 법인세법 제44조

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병 법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양 도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이 하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하 는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채 의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적 격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법 인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것 으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유 가 있 는 경우에는 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경 우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손 익이 없 는 것으로 할 수 있다. (각 호 생략)

○ 법인세법 제44조의2

① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자 산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계 산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승 계할 수 있다.

○ 법인세법 제44조의3

③ 적격합병(제44조제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한 다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다 음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사 유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양 도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차 액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하 는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승 계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바 에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도 부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으 로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

④ 제3항에 따라 양수한 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 합병법인은 피합병법인에 지 급한 양도가액 과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가 와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이 후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또 는 손금에 산입한다.

○ 법인세법 시행령 제80조

① 법 제44조제1항제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 적격합병의 경우: 법 제44조제1항제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

2. 제1호 외의 경우: 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또 는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식 등(이하 “합병교부주식등” 이라 한다) 의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취 득한 피 합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합 병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함한 다. 이하 "합병포합(抱合)주식등"이라 한다)이 있는 경우에 는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하 더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의4

③ 법 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하 는 기간”이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년(같은 항 제3호의 경우에는 3년)을 말한다

○ 법인세법 제52조

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것 으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖 에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한 다.

○ 법인세법 시행령 제88조

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등 (소액주주등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)인 법인이 특수관 계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우

가. 특수관계인인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주 식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병 한 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4 에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다

○ 법인세법 시행령 제89조

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조 까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속 세 및 증여세법」 제63조제2항제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57 조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등 의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제 52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시 가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여 에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

⑥ 제88조제1항제8호 및 제8호의2의 규정에 의하여 특수관계인에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액 의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38 조·제39조·제39조의2·제39조의3·제40조·제42조의2와 같은 법 시행령 제28조제3항부터 제7항까지, 제29조제2항, 제29조의2제1항·제2항, 제29조의3제1항, 제30조제5항 및 제32조의2의 규정을 준용한다. 이 경우 "대주주" 및 "특수관계인"은 이 영에 의한 "특수관계인"으로 보고, "이익" 및 "대통령령으로 정하는 이익"은 "특수관계인에게 분여한 이익"으로 본다.

○ 상속세및증여세법 제38조

① 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 법인 간의 합병(분할합병을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인의 대통령령으로 정하는 대주주등(이하 이 조 및 제39조의2에서 “대주주등”이라 한다)이 합병으로 인하여 이익을 얻은 경우에는 그 합병등기일을 증여일로 하여 그 이익에 상당하는 금액을 그 대주주등의 증여재산가액으로 한 다. 다만, 그 이익에 상당하는 금액이 대통령령으로 정하는 기준금액 미만인 경우는 제외한다.

○ 상속세및증여세법 시행령 제28조

③ 법 제38조제1항에 따른 이익은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 합병대가를 주식등으로 교부받은 경우: 가목의 가액에서 나목의 가액을 차감한 가액에 주가가 과대평가된 합병당사법인의 대주주등이 합병으로 인하여 교부받은 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수를 곱한 금액

가. 합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액

나. 주가가 과대평가된 합병당사법인의 1주당 평가가액×(주가가 과 대평가된 합병당사법인의 합병전 주식등의 수÷주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주등이 합병으로 인하여 교부받은 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수)

⑤ 제3항제1호가목을 적용할 때 합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액은 합병 후 신설 또는 존속하는 법인이 「자본시 장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 그 주권이 같은 법에 따른 증권시장에서 거래되는 법인(이하 “주권상장법인등”이라 한다)인 경우에는 다음 각 호의 가액 중 적은 가액으로 하며, 그외의 법인인 경우에는 제2호의 가액으로 한다.

1. 법 제63조제1항제1호가목에 따라 평가한 가액

2. 주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병직전 주식등의 가액과 주 가가 과소평가된 합병당사법인의 합병직전 주식등의 가액을 합 한 가액을 합병후 신설 또는 존속하는 법인의 주식등의 수로 나눈 가액. 이 경우 합병직전 주식등의 가액의 평가기준일은 「상법」 제522조의2 에 따른 대차대조표 공시일 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제119조 및 같은 법 시행령 제129조에 따라 합병의 증권신고서를 제출한 날 중 빠른 날(주권상장법인등에 해당하지 아니하는 법인인 경우에는 「상법」 제522조의2 에 따른 대차대조표 공시일)로 한다.

○ 상속세및증여세법 제63조

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주 식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 “상장주 식”이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이 전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 「자본시장과 금융투자업 에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균 액 (평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증 자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으 로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 다만, 제38조 에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한 다) 으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인 이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대 통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

○ 상속세및증여세법 제54조

① 법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 “비상장 주 식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이 하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」제94조제1항제4호다목에 해 당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가 치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱 한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

○ 상법 제234조

회사의 합병은 합병후 존속하는 회사 또는 합병으로 인하여 설립 되는 회사가 그 본점소재지에서 전조의 등기를 함으로써 그 효력이 생긴 다

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