조합원입주권 양도 시 조특법§99의3에 따른 감면대상 소득금액 계산방법 등

1. 사실관계

○ ’01.11.12. 서울시 소재 신축주택 * (이하 “A주택” ) 취득

* ｢조세특례제한법｣ 제99조의3 에 따른 감면대상주택이며, 5년 거주함

○ ’17.09.07. A주택, 관리처분계획인가 (평가액 : 589백만원)

○ ’21.08.26. A조합원입주권 ** 양도 (양도가액 : 1,879백만원)

** 소득법§89①(4)의 요건을 갖춘 것으로 전제

2. 질의내용

○ (질의1) 조합원입주권 양도 시 조특법§99의3에 따른 감면대상 소득금액 계산방법

○ (질의2) 조합원입주권 양도 시 장기보유특별공제 적용방법

3. 관련법령 및 관련사례

□ 조세특례제한법 제99조의3

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격 상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대 통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주 택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함 한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발 생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우 에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득 기간"이라 한다) 중에 주택건설 업 자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주 택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업 조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함 한다). 다 만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득 기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함 한다)의 경우: 신축주택 취 득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조제1항제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제99조의3

① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조 에 따라 택지개발지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 「소득세법」 제 95조제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발ㆍ재건축 되기 이전의 주택(이하 이 조 에서 "종전주택"이라 한다)을 재개발 ㆍ재건축하여 취득한 법 제98조의3제2항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계 산한 금액으로 한다.

｢소득세법｣ 제95조제1항 에 따라 계산한 양도소득금액

×

양도 당시 기준시가

_

신축주택 취득 당시 기준시가

양도 당시 기준시가

_

종전주택 취득 당시 기준시가

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

｢소득세법｣ 제95조제1항 에 따라 계산한 양도소득금액

×

신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

_

신축주택 취득 당시 기준시가

양도 당시 기준시가

_

신축주택 취득 당시 기준시가 ( 종전주택을 재개발·재건축하여 취득한 법98조의3제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가)

③ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합 (이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 (주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 「주 택법」 제15조에 따른 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주 택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기 간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ ∼ ⑥ 생략

□ 소득세법 제89조

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철 거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도 하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령 으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것

나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

□ 소득세법 시행령 제155조

⑰ 법 제89조제1항제4호 각 목 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 기준을 초과 하는 경우"란 조합원입주권의 양도 당시의 실 지거래가액의 합계액이 9억원을 초 과하는 경우를 말한다.

□ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도 가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액 (이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3 항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다) 으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원 입주권(조합원으 로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원 입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행 계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유 기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1 주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우 에는 그 자산의 양도차 익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

<표1>

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 6

4년 이상 5년 미만

100분의 8

5년 이상 6년 미만

100분의 10

6년 이상 7년 미만

100분의 12

7년 이상 8년 미만

100분의 14

8년 이상 9년 미만

100분의 16

9년 이상 10년 미만

100분의 18

10년 이상 11년 미만

100분의 20

11년 이상 12년 미만

100분의 22

12년 이상 13년 미만

100분의 24

13년 이상 14년 미만

100분의 26

14년 이상 15년 미만

100분의 28

15년 이상

100분의 30

<표2>

보유기간

공제율

거주기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 12

2년 이상 3년 미만

(보유기간 3년 이상에 한정함)

100분의 8

3년 이상 4년 미만

100분의 12

4년 이상 5년 미만

100분의 16

4년 이상 5년 미만

100분의 16

5년 이상 6년 미만

100분의 20

5년 이상 6년 미만

100분의 20

6년 이상 7년 미만

100분의 24

6년 이상 7년 미만

100분의 24

7년 이상 8년 미만

100분의 28

7년 이상 8년 미만

100분의 28

8년 이상 9년 미만

100분의 32

8년 이상 9년 미만

100분의 32

9년 이상 10년 미만

100분의 36

9년 이상 10년 미만

100분의 36

10년 이상

100분의 40

10년 이상

100분의 40

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양 도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배 우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算) 하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

□ 소득세법 시행령 제159조의4

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세 대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이 상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

□ 소득세법 제100조

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제 114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제 114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적 용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② ∼ ③ (생략)

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 소득세 법 시행령 제166조

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발 사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업 조 합의 조합원이 당해 조합에 기존 건물과 그 부수토지를 제공 (건 물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[ 양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조 제 1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익” 이라 한다) + [(기존건물과 그 부수 토 지의 평가액 – 기존건물과 그 부수토지의 취득 가액) - 법 제97조 제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조 에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다.)

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

가. [ 양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비 ]

나. [ (기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건 물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도 차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기 간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항제2호나목 에서 장기보유 특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존 건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리 처분계획등 인가일까지의 기간

2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경 우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

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