주거지역 등에 편입된 자경농지에 대한 감면소득금액 산정시 기준시가 적용방법

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 1998.01. 도농복합형태의 시의 읍지역인 경기도 광주시 초월읍 소재 A농지(전) 취득 및 재촌자경

- 2003.08. A농지 주거지역 편입(경기도 고시 제2003-000호)

- 2003.11. 토지이용계획확인서상 A농지 주거지역으로 표시

※ 2003년 하반기에 주거지역으로 편입 및 표시됨으로써 지가변동에 중대한 영 향을 미치게 되어 2004.1.1.을 기준으로 하는 2004.6.30.의 개별공시지가 가 2003.6.30.에 공시된 개별공시지가보다 훨씬 상승함

○ 질의내용

주거지역 등에 편입된 자경농지에 대한 감면소득금액을 산정할 때 하반기에 지가변 동에 영향을 미치는 중대한 사유가 발생한 경우에는 「조세특례제한법 시행령」제66조제7항 산식 분자의 ‘주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가’를 주거지역 편입일이 속하는 연도(2003년)의 익년도(2004년)의 개별공시지가를 적용할 수 있는 것인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

○ 조세특례제한법 제69조

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작 한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양 도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에 는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대 통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세 액을 감면한다.

(이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제66조

① ~ ⑥ 생략

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 「소득세법」 제 95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한 다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되 는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다.

양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시 가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가)

(이하 생략)

○ 소득세법 제99조

① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따 른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가 한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경 우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제164조

(중략)

③ 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.

(이하 생략)

○ 우리청 재산세과-3329, 2008.10.16.

현행 「소득세법 시행령」 제176조 의 2 제2항 제2호 및 「조세특례제한법 시행 령」 제66조제7항을 적용함에 있어 ‘양도당시의 기준시가’는 「소득세법 시행령」 제 164조제3항에 따라 같은 법 시행령 제162조에 의한 양도일 직전의 기준시가를 적 용하는 것임

○ 우리청 부동산거래관리과-21, 2010.01.08.

주거지역 등에 편입된 자경농지에 대한 감면소득금액 산정시 「조세특례제한법 시 행령」 제66조제7항의 산식을 적용함에 있어서 주거지역 등에 편입된 날의 기준시가와 양 도 당시의 기준시가는「소득세법」제99조제1항제1호가목의 규정을 각각 적용하여 산 정하는 것입니다.

조세특례제한법 제69조 · 조세특례제한법 시행령 제66조 · 소득세법 제99조 · 소득세법 제95조 · 소득세법시행령 제176조의2 · 소득세법시행령 제164조