임대사업자등록이 지연된 경우 조특법 제97의2에 따른 감면대상 매입임대주택 해당 여부

1. 사실관계

○ 2001.12. A주택을 취득함

○ 2002.1.임대 개시

○ 2003.5. 2003.1.1.을 사업개시일로 관할세무서에 사업자등록 함

○ 2005.6. 주택임대사업자 등록함

○ 2016.10. 양도계약을 체결함

2. 질의 내용

○ 1 999.8.20. ～ 2001.12.31. 기간 중 매입임대주택을 취득하고 임대 개시한 후 임대사업자등록을 한 경우에도 실제 임대기간이 5년을 경과한 경우 조특법 제 97조의2에 따른 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제97조의2

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 이 조에서 "신축임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 「임대주택법」에 따른 건설임대주택

가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택

나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 「임대주택법」에 따른 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우만 해당한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다)

가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택

나. 제1호나목에 해당하는 주택

② 신축임대주택에 관하여는 제97조제2항부터 제4항까지의 규정을 준용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의2

① 법 제97조의2제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의2제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거 주자를 말한다. <개정 2001.12.31, 2009.2.4>

② 신축임대주택의 주택임대사항의 신고·세액감면의 신청·임대기간의 계산등에 관하여는 제97조제2항 내지 제6항의 규정을 준용한다. 다만, 제97조제4항의 규정을 준용함에 있어서 법 제97조의2제1항제2호의 규정에 의한 매입임대주택의 경우에 는 제97조제4항 각호에 규정된 서류외에 매매계약서 사본과 계약금 지급일을 입증할 수 있는 증빙서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2006.6.12>

○ 조세특례제한법 제97조

② 「소득세법」제89조제1항제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따 라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조

② 법 제97조제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 「소득세법 시행령」제122조제4항 및 제5항을 준용한다.

③ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거 주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록증

2. 임대차계약서 사본

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본

4. 삭제 <2006.6.12>

5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주 택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

2. 삭제 <2001.12.31>

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

3의2. 삭제 <2001.12.31>

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

⑥ 법 제97조제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장은「전자 정부법」제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등 기부 등본 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제44조

영 제97조제5항제5호에서 "기획재정부령이 정하는 기간"이라 함은 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간으로서 3월이내의 기간을 말한다.

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