원천징수의무자가 대납한 갑근세의 근로소득 해당 여부

1. 질의내용 요약

질의자 본인은 2001.11월부터 2004.04월까지 서울소재 (주)○○○학원에 47인승 차량을 구입하여 학원장 명의로 지입하고 지입료를 급여로 책정하여 학원에서 보험료(국민연금, 건강보험, 고용보험)와 세금을 공제후 나머지 금액을 급여로 수령하였음

또한, 버스 운행중 사용하는 경유에 대한 세금계산서를 발급받아 학원에 제출하면 부가가치세를 환급받아 돌려주겠다는 구두약속을 하여 운행버스 6대분의 사용한 경유에 대하여 세금계산서(2002년 25,200천원, 2003년 42,320천원)를 제출하였는데, 2002년도에는 환급이 없고 2003년에는 대당 225,480원을 환급하여 주기에 학원에 2002년도분과 2003년분의 나머지 금액에 대한 환급을 요청함

이에 학원에서는 갑근세를 대신 납부(대납)하였다 하는데, 갑근세를 근로자 급여와 기업에서 이중으로 납부할 수 있는지 여부 및 같은 급여에 대하여 공제되는 세금이 차이가 나는데 그 이유는

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) 및 참고예규

○ 소득세법 제134조

① 원천징수의무자가 갑종에 속하는 매월분의 근로소득을 지급하는 때에는 근로소득간이세액표에 의하여 소득세를 원천징수한다. (2000. 12. 29 개정)

② 원천징수의무자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 제137조 또는 제138조의 규정에 의하여 소득세를 원천징수하며, 제1호의 경우 다음 연도 1월분의 근로소득에 대하여는 제1항에 규정하는 바에 따라 소득세를 원천징수한다. (1996. 12. 30 개정)

1. 당해연도의 다음 연도 1월분 근로소득을 지급하는 때(1월분의 근로소득을 1월 31일까지 지급하지 아니하거나 1월분의 근로소득이 없는 경우에는 1월 31일로 한다. 이하 같다) (1996. 12. 30 개정)

2. 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때 (1996. 12. 30 개정)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

③ 원천징수의무자가 일용근로자의 근로소득을 지급하는 때에는 그 근로소득에서 근로소득공제를 한 금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 산출세액에서 근로소득세액공제를 한 소득세를 원천징수한다. (1996. 12. 30 개정)

④ 다음 각호의 1의 세액공제를 받은 거주자에 대한 소득세를 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 원천징수하는 때에는 당해 공제액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 공제하고 원천징수한다. (1994. 12. 22 개정)

1. 외국납부세액공제 (1994. 12. 22 개정)

2. 근로소득세액공제 (1994. 12. 22 개정)

⑤ 근로소득자의 근무지가 변경됨에 따라 월급여액이 동일한 고용주에 의하여 분할지급되는 경우의 소득세는 변경된 근무지에서 그 월급여액 전액에 대하여 제1항 내지 제4항의 규정을 적용하여 원천징수하여야 한다. (1994. 12. 22 개정)

⑥ 삭 제 (1996. 12. 30)

○ 소득세법 시행령 제194조

① 법 제134조 제1항의 규정에 의하여 소득세를 원천징수하는 때에는 근로소득에 대하여 별표 2 근로소득간이세액표의 해당란의 세액을 기준으로 하여 원천징수한다. (2000. 12. 29 개정)

② 제1항의 경우 종된 근무지의 원천징수의무자가 원천징수하는 때에는 당해 근로자 본인에 대한 기본공제 및 소수공제자추가공제와 표준공제만 있는 것으로 보고 해당란의 세액을 적용한다.

※ 연도별 근로소득간이세액표는 국세청홈페이지(www.nts.go.kr)> 국세정보서비스>국세청발간책자>기타책자에서 “간이세액조견표”로 조회하실 수 있습니다.

2. 질의내용에 대한 자료

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인46012-1078,1999.03.24

1. 귀 질의 1, 3의 경우 납세지 관할세무서장이 내국법인이 각사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 실지조사하는 과정에서 법인세법에 의하여 상여처분한 금액은 법인이 소득금액 변동통지서를 받은 날에 지급한 것으로 보는 것이므로,

원천징수의무자인 당해 법인은 소득세법 제136조 의 규정에 의하여 원천징수하고 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 납부하여야 하며, 당해 상여처분금액의 귀속자는 동 금액을 자신의 종합소득에 합산하여 소득세를 확정(수정)신고하는 것임

이와 관련하여 세무서장의 경정통지가 있은 후 당해 법인이 동 금액을 회수한 경우에도 세무서장이 경정에 의해 상여처분한 것에 대하여는 변동이 없는 것임

2. 질의 2의 경우 법인이 대표이사에 귀속되었음이 분명한 상여처분 금액에 대한 소득세를 대신 납부하고 비용처리한 경우에는 이를 손금불산입하고 대표이사에 대하여 상여처분하는 것임

소득세법 제136조 · 소득세법 제134조 · 소득세법시행령 제194조