이월과세를 적용받은 사업용 고정자산을 양도하는 경우 특별부가세 과세 여부

[ 질 의 ]

조세특례제한법 제32조 ［법인전환에 대한 양도소특세의 이월과세］규정 적용방법과 관련하여 다음과 같은 이견이 있어 질의함

(질의내용)

2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전 조세특례제한법 제32조 규정에 의하여 󰡒법인전환에 대한 양도소득세 이월과세󰡓대상 사업용 자산을 양수한 법인이 2002.1.1.이후 이를 양도하는 경우 이월과세 적용방법

〈갑설〉 양도소득세 산출세액 상당액을 법인세로 납부함

（이유） 부칙 제2조에서 개정규정은 2002.1.1. 이후 양도분부터 적용하도록 규정하고 있고, 법인전환시점에 부담하였어야 할 개인의 양도소득세 상당액을 법인의 자산양도 시점까지 이월함으로써 법인전환을 지원하려는 제도취지와 개인의 양도소득세와의 형평성 측면에서 개인이 소유한 기간 동안에 발생한 양도차익에 대하여는 과세하여야 함

〈을설〉 개인이 보유하고 있던 기간의 양도차익에 특별부가세율을 곱하여 산출한 금액 상당액을 법인세로 납부함

（이유） 부칙 제25조의 규정은 2001.12.31. 이전에 의월과세 적용받은 고정자산을 2002.1.1. 이후 양도하는 경우에 적용하는 것이므로 현물출자일 이후 법인이 보유하고 있던 기간에 대한 특별부가세는 면제하고 개인이 보유하고 있던 기간에 대한 특별부가세는 납부하여야 함

〈병설〉 특별부가세 또는 양도소득세 상당액을 법인세로 납부할 의무가 없음

（이유） 부칙 제25조의 규정은 2001.12.31. 이전에 이월과세 적용받은 고정자산을 2002.1.1. 이후 양도하는 경우에 적용하는 것이고, 2002.1.1. 이후 특별부가세제도가 폐지되었으므로 특별부가세 또는 양소득세상당액을 법인세로 납부의무가 없는 것으로 보는 것이 타당함

조세특례제한법 제32조