고유번호로 교부받은 세금계산서의 매입세액 공제 여부

1. 질의내용 요약

학교법인(○○대학교)이 학교부지 내에 교육용건물(일부 임대목적)을 신축함에 있어 당초 계약당사자를 총장명의(공유목적 고유번호 보유)로 하였으나 중도에 법적주체인 법인 이사장(과세사업자로ㅗ 사업자등록번호 보유) 명의로 변경하면서 임대사업과 관련이있는 당초 총장명의로 교부받은 세금계산서(약 72억)를 수정하여 교부받지 아니한 상태에서 계약변경후의 이사장 명의로 교부된 세금계산서(약 28억)를 합한 후 부가가치세를 신고하여 환급 받았음.

- 이와 관련하여 관할세무서에서 총장명의(고유번호 기재분) 세금계산서 교부분 매입세액을 불공제하고 가산세를 추징하겠다고 하는 바, 총장명의 세금계산서상의 매입세액의 공제가 가능한지, 불가능하다면 수정세금계산서를 재교부 받아 경정청구 대상인지 여부등

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제17조 [납부세액]

○ 부가가치세법 제22조 [가산세]

○ 부가가치세법 시행령 제59조 [수정세금계산서]

부가가치세법 제22조 · 부가가치세법 제17조