법인주주가 합병으로 주식을 취득한 경우 그 주식 양도차손의 손금 산입 여부

1. 질의내용 요약

당사는 1999사업연도(1999.1.1~1999.12.31)에 정부의 금융기관의 합병정책에 따른(재경부고시 1997-40호 : 단자회사를 은행에 합병시키라는 고시) A금융→B은행→C은행으로 합병절차가 완료됨에 따라(이하 A금융과 B은행의 합병을 제1차합병, B은행과 C은행의 합병을 제2차 합병이라 함) A금융과 B은행의 주주로 있던 당사는 C은행의 주주가 되었음.

이 때의 합병과 관련하여 다음 사항을 질의함

<질문사항>

(1) 1999년 법인세법의 개정에서 합병으로 인하여 소유권이 이전된 경우에는 자산의 양도로 보지 아니한다는 규정의 삭제 이후에, 합병으로 인하여 피합병법인의 주주가 합병법인의 주식을 취득한 경우 피합병법인에 투자한 주식이 합병법인의 주식으로 전환됨에 따라 발생하는 주식의 양도차손을 손금에 산입할 수 있는지 여부

(2) 상기 (1)에서 주식의 양도차손을 인정하는 경우에 합병으로 인하여 취득한 주식의 가액(피합병법인 주식의 양도가액)을 시가로 계산할 것인지 아니면 액면가액으로 계산할 것 인지와 시가로 계산하는 경우에 합병등기일로 할 것인지 아니면 합병기일로 할 것인지

(3) 제1차 합병과정에서 당사는 법인세법 제16조제1항제5호 의 의제배당소득이 발생하였으며 동 의제배당소득은 조세특례제한법 제49조 의 규정에 의하여 법인세를 과세하지 아니하였는바(농특세는 과세함), 그 과세하지 아니한 의제배당소득을 합병으로 취득한 B은행의 주식의 취득가액에 가산하여야 하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법시행령 제72조

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다. (1998. 12. 31 개정)

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 (1998. 12. 31 개정)

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산 : 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 (1998. 12. 31 개정)

3. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산 : 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 재정경제부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다. (2001. 12. 31 단서개정)

4. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등 : 취득당시의 시가. 다만, 합병 또는 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다. (1998. 12. 31 개정)

5. 제1호 내지 제4호외의 방법으로 취득한 자산 : 취득당시의 시가 (1998. 12. 31 개정)

법인세법시행령 제72조