민간임대주택의 주택과 부수토지의 소유자가 다른 경우 조특법§97의3 특례 적용범위

1. 사실관계

○ 신청인 甲과 배우자 乙은 소유주택 중 일부에 대해 건물부분과 부수토지에 대 해 명의를 달리하여 소유하고 있으며 1) ,

- 각 주택에 대해 임대사업을 공동으로 영위하기로 약정 2) 하고 공동사업자로 세무서 사업자등록하여 임대 중임

1) 주택(건물부분)과 그 부수토지의 보유 현황

2 ) 甲·乙은 각각 주택과 부수토지의 사용권을 출자한 것으로 전제함

지번(동)

건물 명의인

사용승인일

부수토지 명의인

<건물과 부수토지 명의가 다른 주택>

365

甲

2014.7.9.

乙

364-1

甲

2004.9.22.

乙

364-15

乙

2008.1.11.

甲

364-3

甲

2004.10.20.

乙

364-4

乙

2004.7.3.

甲

364-8

乙

2007.12.26.

甲

366-3

乙

2008.7.3.

甲, 乙

<건물과 부수토지 명의가 같은 주택>

463

甲

2004.7.1.

甲

464

甲

2014.9.5.

甲

564

甲

2004.12.31.

甲

564-9

甲

2004.8.25.

甲

- 각 임대주택(단독주택)의 건물의 소유자 명의로 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따른 장기일반민간임대주택으로 ’20.12.31. 이전에 등록하였음

- 甲과 乙은 A주택과 부수토지를 민간임대주택법상 장기일반민간임대주택 등록 및 소득세법상 사업자등록 후 8년 이상 임대하고 일괄 양도할 예정임 *

* 조특법§97의3의 쟁점 이외의 임대료증액제한 등 다른 요건은 충족한 것으로 전제함

2. 질의내용

○ 장기일반민간임대주택의 주택과 부수토지의 소유자가 다른 경우 주택 전체(주택+부수토지)에 대하여 조특법§97의3 특례 적용여부

① 적용 가능

② 적용 불가(주택부분만 적용)

3. 관련법령

□ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도 가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액 (이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일 까지로 한다. 다만 , 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산 (起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다 .

□ 소득세법 시행규칙 제72조

② 영 제154조제1항을 적용할 때 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조제1항제3호가목에 따른 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 해당 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다

□ 조세특례제한법 제2조

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "내국인"이란 「소득세법」에 따른 거주자 및 「법인세법」에 따른 내국법인을 말한다.

(중간생략)

② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조제1항제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다.

□ 조세특례제한법 제97조의3 (’22.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것 )

① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호 에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2024년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제 외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도 하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

□ 조세특례제한법 제97조의3 (’20.12.19. 법률 제17759호로 개정된 것 )

① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제 4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간 임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간 임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외 한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 생략

□ 조세특례제한법 시행령 제97조의3

① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 「소득 세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자를 말한다.

② 법 제97조의3제1항제1호에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 10년 이상 계속하여 등록되어 있고, 그 등록 기간 동안 통산하여 10년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 「주택법」에 따른 리모델링의 시행으로 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.

③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

2. 「주택법」 제2조제6호 에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것

3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 10년 이상 임대할 것

4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것

④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조 에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항 에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다.

⑤ 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항에 따라 100분의 70의 공제율을 적용하는 경우에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다.

□ 재일01254-96, 1992.1.13.

1. 조세감면규제법 제67조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 1982년 05월 18일부터 1983년 06월 30일까지 취득한 신축주택 (부동산 등기부에 보존등기한 주택)을 양도하는 경우는 100분의 5의 양도소득세 세율을 적용하는 것이나,

2. 귀 문의 경우와 같이 토지소유자와 주택의 소유자가 상이한 경우 토지소유자에 대하여는 위의 규정이 적용되지 아니하는 것입니다.

□ 서면인터넷방문상담4팀-1118, 2005.07.01.

「조세특례제한법」제99조의 3에서 감면대상은 “거주자가 신축주택(2배 이내의 부수토지를 포함)을 취득하여 양도”한 경우라고 규정하고 있어 주택과 부수토지의 소유자가 상이한 경우에는 그 소유자들이 동일세대원이라 할지라도 부수토지의 양도소득은 신축주택 감면대상에 포함되지 않습니다.

□ 서면인터넷방문상담4팀-1804, 2005.09.30.

조세특례제한법 제97조 의 규정에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면을 적용받기 위하여는 거주자가 5호 이상의 임대주택(국민주택으로 건물연면적의 2배 이내 부수토지포함)을 2000.12.31.이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 해당하며,

이의 감면대상 임대주택은 소득세법 제89조 제3호 의 1세대 1주택 비과세규정을 적용함에 있어서 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것입니다.

위의 장기 임대주택 부수토지의 일부를 자녀에게 증여한 경우 당해 증여한 토지부분에 대하여는 감면대상 부수토지에 포함하지 않는 것입니다

☞ 같은 뜻 : 서면인터넷방문상담4팀-3421, 2006.10.11.