용도변경한 주택 양도 시 장기보유특별공제액 계산방법

1. 사실관계

○ ’03.6.14. 주택(이하 “쟁점부동산”)을 취득함

○ ’07.8.30. 쟁점부동산을 상가로 용도변경하여 임대함(’14.7.17. 임차인 퇴거)

○ ’14.10.30. 임차인 퇴거 이후 쟁점부동산을 주택으로 다시 용도변경한 다음 이를 양도함

2. 질의내용

○ 주택을 매입하여 사용하던 중 상가로 용도변경하여 사용하고 이를 다시 주택으로 용도변경한 상태에서 양도한 경우 해당 주택(1세대1주택)의 장기보유특별공제액 계산방법

3. 관련법령 및 관련사례

○ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도 가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액 (이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금 액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원 입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도 차 익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금 액을 말한다.

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양 도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당 하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기 산한다. <개정 2014. 1. 1.>

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

소득세법 제95조