조특법 제99조의 2제1항에 따라 감면받는 경우 농어촌특별세를 납부하는 것인지

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 2013.05.14. 주택 분양권계약 체결

- 2014.01.16. 신축주택등 또는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받음

- 2016.07.00. 완공된 신축주택 양도

○ 질의내용

「조세특례제한법」제99조의 2제1항에 따라 양도소득세를 감면받는 경우, 농어촌특별세를 납부하는 것인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제99조의2

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제38조 에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면 하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② ~ ③ 생략

④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다. <개정 2014.1.1>

⑤ 생략

○ 농어촌특별세법 제2조

① 이 법에서 "감면"이란 「조세특례제한법」 ㆍ「관세법」ㆍ 「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」 에 따라 소득세 ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것 을 말한다. <개정 2010.12.30>

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

2. 「조세특례제한법」 제72조제1항 에 따른 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 같은 법 제89조제1항 및 제89조의3에 따른 이자소득ㆍ배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용

3. 「지방세법」 제15조제1항 에 따른 취득세 특례세율의 적용

(이하 이 조 생략)

○ 농어촌특별세법 제3조

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다. <개정 1994.12.22, 1998.12.28, 1999.12.3, 2001.12.29, 2005.1.5, 2007.12.31, 2010.1.1, 2010.3.31, 2010.12.30>

1. 제2조제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률 에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자

2. 삭제 <2010.12.30>

3. 「개별소비세법」 제1조제2항 의 물품 중 같은 항 제1호가목1)ㆍ2), 같은 호 다목, 같은 항 제2호나목1)ㆍ2)의 물품 또는 같은 조 제3항제4호의 입장행위에 대한 개별소비세 납세의무자

4. 「증권거래세법」 제3조제1호 에 규정된 증권거래세 납세의무자

5. 「지방세법」에 따른 취득세 또는 레저세의 납세의무자

6. 「종합부동산세법」에 따른 종합부동산세의 납세의무자

○ 농어촌특별세법 제5조(과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면-2015-부동산-2422(2016.03.25)

1. 생략

2. 귀 질의 2의 경우, 「조세특례제한법」제99조의2제1항에 해당하는 감면대상 주택을 취득하고 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도 소득세의 100%를 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도 하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제하는 것입니다. 이 경우, 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 납부하는 것 입니다 .

3. ~ 4. 생략

○ 서면-2015-법령해석재산-2017(2015.12.07)

「조세특례제한법」제99조의2 제1항에 따른 1세대1주택자의 주택을 양도하는 경우로서 해당 주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제156조에 따른 1세대1주택이면서 고가주택에 해당하는 경우에는 같은 법 제95조 제3항 및 같은 법 시행령 제160조를 적용한 후 「조세특례제한법」제99조의2 규정을 적용하는 것입니다.

이 경우 「농어촌특별세법」제3조 및 제5조에 따라 해당 감면세액에 100분의20을 곱하여 계산한 금액을 농어촌특별세로 납부하는 것 입니다.

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