비영리법인이 고유목적으로 사용하던 상가를 관리처분계획인가 후 처분한 경우 과세대상제외 여부 등

1. 사실관계

○ ’ 05년 6월 A재단은 00구 00 동 상가(이하 “쟁점상가”)를 출연받아 고유목적사업(종교시설)에 사용함

○ ’18년 12월 쟁점상가의 관리처분계획인가

○ ’21년 6월 쟁점상가 매각

- 쟁점 상가는 매각 전까지 고유목적사업(종교시설)에 사용됨

○ A재단은 쟁점상가의 매각 대금을 운용기간이 6개월 이상인 정기예금으로 예치함

2. 질의내용

○ (질의1) 비영리법인이 고유목적사업에 사용하던 상가를 처분하여 수입이 발생한 경우로서

- 해당 상가가 관리처분계획의 인가를 받은 후에 처분된 경우 그 처분 수입이 비영리법인 의 과세소득에 해당하는지 여부

○ (질의2) 공익법인이 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 정기예금으로 운용하는 것이 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조

① 내 국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다 . 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

(중략)

③ 제 1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제3조

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일( ｢국가균형발전 특별법｣ 제18 조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유 목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형 자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다 . 이 경우 해당 자산의 유지 ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자 산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유 목적 사업 에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가 액 을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

○ 상속세 및 증여세법 제48조

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다.

(이하 생략)

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익 법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나 에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항 에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별 로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충 당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다) 의 용도 외에 사용하거나 출연 받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아 니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우. (단서 생략)

2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용 소득이 있는 경우를 포함한다. 이하 이 호 및 제3항에서 같다) 및 출연받은 재산의 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 제16조제2항제2호에 따 른 비율을 초과하는 경우. 다만, 제16조제3항제1호 또는 제3호에 해당하는 경우 (이 경우 "출연"은 " 취득"으로 본다)와 ｢산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 ｣에 따른 산학협력단이 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령 으로 정하는 요건을 갖춘 경우는 제외한다.

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우

5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달 하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동 안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

○ 상속세 및 증여세법 제78조

⑨ 세무서장등은 공익법인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 금액에 100분의 10에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 제1호와 제3호 에 동시에 해당하는 경우에는 더 큰 금액으로 한다.

1. 제48조제2항제5호에 따라 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준 금액에 미달하여 사용한 경우: 운용소득 중 사용하지 아니한 금액

2. 제48조제2항제5호에 따라 매각대금을 대통령령으로 정하는 기준 금액에 미달하여 사용한 경우: 매각대금 중 사용하지 아니한 금액

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조

④ 법 제48조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 사용 하지 아니한 경우 "란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업 연도 의 종료일부터 3년 이내에 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 , 수익용 또는 수익 사업용 재산을 취득한 경우를 포함하며, ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제31조에 따른 공시대상기업집단에 속하는 법인과 같은 법 시행령 제4조제1호에 따른 동일인 관련자의 관계 에 있는 공익법인등이 매각대금으로 해당 기업집단에 속하는 법인의 의결권 있는 주식등을 취득한 경우는 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산 (공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재 산 을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당 하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용 한다.

⑦ 법 제48조제2항제5호에서 "매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하 는 기준금액에 미달하게 사용한 경우"란 매각 대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하 는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제11조의2

영 제38조제4항 후단에 따른 일시 취득한 재산은 매각대금으로 취득 한 수익용 또는 수익사업용 재산으로서 그 운용기간이 6월 미만 인 재산으로 한다.

상속세 및 증여세법 시행령 제38조 · 법인세법시행령 제3조 · 법인세법 제4조 · 상속세및증여세법 제78조 · 상속세및증여세법 제48조 · 상속세및증여세법시행규칙 제11조의2