공익사업으로 협의매수된 양도소득금액을 구분하여 조특법§77 감면특례와 조특법§77의2 과세이연특례를 적용할 수 있는지 여부

1. 사실관계

○ ‘73.3월 신청인은 경기도 하남시 천현동 소재 1필지(이하 “쟁점 토 지”)를 취득

- ‘72.8월 개발제한구역 지정

○ ‘ 19.10월 「공공주택 특별법」제2조, 제6조에 따라 쟁점토지일대를 “하남교산 공공주택지구”로 지정 고시( 국토교통부 고시 제2019-558호)

○ ‘21.5월 하남교산 공공주택지구 사업의 공익사업용지로 협의매수됨

- 대토보상 30억, 현금 보상 32억

※ 각 특례요건을 충족한 것으로 전제함

2. 질의내용

○ 공익사업 시행으로 협의매수된 1필의 토지의 양도소득금액 중 일부는 조특법§77의2에 따 라 대토 감면에 따른 양도소득세 과세이연을 적용하 고 나머지 금액은 조특 법 §77에 따른 공익사업용 토지 등에 양도소득세 감면을 적용할 수 있는 지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

□ 조세특례제한법 제77조

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속 한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021 년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.1.14, 2015.8.28, 2015.12.15, 2018.12.24>

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용 되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따 른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1 항 또는 제2항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고 를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. <개정 2010.12.27, 2017.2.8, 2020.6.9>

1. 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내 에 그 공익사업을 시작하지 아니하는 경우

2. 제1항제2호에 따른 사업시행자가 대통령령으로 정하는 기한까지 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행계획인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

④ 제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 경우에 는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 15(만기가 5년 이상 인 경우에는 100분의 25)에 상당하는 금액을 징수한다.

□ 조세특례제한법 제77조의2

① 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법 률」에 따른 공익사업 의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일 (사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2 년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업 의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도 대금을 같은 법 제63조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으 로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 "대토보 상"이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득 세의 과세를 이연받을 수 있다.

② 제1항은 해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 적용한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세 액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다. <개정 2014.12.23, 2019.12.31>

1. 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조제1항 단서에 따 라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 감면받거 나 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2014.12.23>

□ 조세특례제한법 시행령 제73조

① 거주자가 법 제77조의2제1항에 따라 토지등을 사업시행자에게 양도하고 토지등 의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지(이하 이 조에 서 "대토"라 한다)로 보상받은 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 양도소득세 과세특 례를 적용한다. <개정 2015.2.3, 2016.2.5, 2020.2.11>

1. 세액의 감면을 신청하는 경우: 거주자가 해당 토지등을 사업시행 자에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액에 대한 양도소득세의 100 분의 40에 상당하는 세액을 감면한다.

2. 과세이연을 신청하는 경우: 거주자가 해당 토지등을 사업시행자에 게 양도하여 발생 하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액 (이하 "과세이연금액"이라 한다) 에 대해서는 양도소득세를 과세하 지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때에 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 대토를 양도할 때는 「소득세법」 제95조제2항 에 따른 장기보유특별공제액 을 계산할 때 보유기간은 대토의 취득 시부터 양도 시까지로 본다.

② 법 제77조의2제2항에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 법 제77조 의2 제1항에 따라 대토보상을 받은 자(이하 "대토보상자"라 한다)에 대 한 보상명세를 다음 달 말일까지 대토보상자의 납세지 관할 세무서장에게 통보하는 것을 말한다.

□ 조세특례제한법 제127조

⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.

□ 공공주택 특별법 제2조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "공공주택"이란 제4조제1항 각 호에 규정된 자 또는 제4조제2항에 따른 공공주택사 업자가 국가 또는 지방자치단체의 재정이나 「주 택 도시기금법」에 따른 주택도시기 금 (이하 "주택도시기금"이라 한다) 을 지원받아 이 법 또는 다른 법률에 따라 건설, 매 입 또는 임차하여 공급하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

가. ∼ 나. (생략)

2. "공공주택지구"란 공공주택의 공급을 위하여 공공주택이 전체주택 중 100분의 50 이상이 되고, 제6조제1항에 따라 지정ㆍ고시하는 지구를 말한다. 이 경우 제1호 각 목별 주택비율은 전단의 규정의 범위에서 대통령령으로 정한다.

3. "공공주택사업"이란 다음 각 목에 해당하는 사업을 말한다.

가. 공공주택지구조성사업: 공공주택지구를 조성하는 사업

나. 공공주택건설사업: 공공주택을 건설하는 사업

다. 공공주택매입사업: 공공주택을 공급할 목적으로 주택을 매입하거나 인수하는 사업

라. 공공주택관리사업: 공공주택을 운영ㆍ관리하는 사업

마. 도심 공공주택 복합사업: 도심 내 역세권, 준공업지역, 저층주거지에서 공공주택 과 업무시설, 판매시설, 산업시설 등을 복합하여 건설하는 사업

□ 공공주택 특별법 제6조

① 국토교통부장관은 공공주택지구조성사업(이하 "지구조성사업"이라 한다)을 추진하기 위하여 필요한 지역을 공공주택지구(이하 "주택지구"라 한다)로 지정하거나 지정된 주택지구를 변경 또는 해제할 수 있다.

□ 공공주택 특별법 제27조

① 공공주택사업자는 주택지구의 조성 또는 공공주택건설을 위하여 필요한 경우에는 토지등을 수용 또는 사용할 수 있다.

② 주택지구를 지정하거나 제35조제1항에 따라 주택건설사업계획을 승인하여 고시한 때에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조제1항 및 같은 법 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다. <개정 2020.12.22.>

⑥ 제1항에 따른 토지등의 수용 또는 사용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 적용한다.

소득세법 제95조 · 조세특례제한법 제77조 · 조세특례제한법 제77조의2 · 조세특례제한법 제127조 · 조세특례제한법 시행령 제73조