청년창업중소기업의 대표자변경 시 창업기업 등에 대한 세액감면 적용

1. 사실관계

○ ㈜OOOOO(이하 “질의법인”이라 함)은 수도권과밀억제권역 내에서 창업한 법인으로 201X년 창업 당시 청년창업중소기업 요건에 해당하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 받고 있음

○ 질의법인은 201X년 X월 대표자를 청년이 아닌 자로 변경하였고, O월 창업자가 대표자로 채취임하면서 공동대표가 되었음

○ 대표자를 변경하는 과정에서 주주변동은 없으며 창업당시 대표자가 계속하여 최대주주를 유지하였음

2. 질의내용

○ 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 받던 법인의 창업당시 대표자가 사임한 뒤 일정기간 후 다시 대표자로 취임한 경우,

- ①대표자의 재취임일과 대표등기일이 서로 다르다면 둘 중 세법상 대표변경일은 언제인지 ②감면대상 기간은 어떻게 되는지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제6조

① 2021년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조제1항 에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율

가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우: 100분의 100

나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50

2. 창업보육센터사업자의 경우: 100분의 50

⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우

나. 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

○ 조세특례제한법시행령 제5조

① 법 제6조제1항제1호가목에서 "대통령령으로 정하는 청년창업중소기업"이란 대표자[ 「소득세법」 제43조제1항 에 따른 공동사업장의 경우에는 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율이 가장 큰 사업자(손익분배비율이 가장 큰 사업자가 둘 이상인 경우에는 그 모두를 말한다. 이하 이 조에서 같다)를 말한다. 이하 이 조에서 같다]가 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 충족하는 기업(이하 이 조에서 "청년창업중소기업"이라 한다)을 말한다.

1. 개인사업자로 창업하는 경우: 창업 당시 15세 이상 34세 이하인 사람. 다만, 제27조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 창업 당시 연령에서 빼고 계산한 연령이 34세 이하인 사람을 포함한다.

2. 법인으로 창업하는 경우: 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 사람

가. 제1호의 요건을 갖출 것

나. 「법인세법 시행령」 제43조제7항 에 따른 지배주주등으로서 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자일 것

③ 법 제6조제1항제1호나목을 적용할 때 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업의 대표자가 감면기간 중 제1항제2호나목의 요건을 충족하지 못하게 되거나 개인사업자로서 손익분배비율이 가장 큰 사업자가 아니게 된 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 법 제6조제1항에 따른 감면을 적용하지 아니한다.

○ 법인세법기본통칙67-106…19

당해 법인의 대표자가 아니라는 사실이 객관적인 증빙이나 법원의 판결에 의하여 입증되는 경우를 제외하고는 등기상의 대표자를 그 법인의 대표자로 본다.

4. 관련예규

○ 대법원 2010두18116, 2010.12.23.

한편 법인등기부상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로 법인등기부상의 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 한다.

법인세법시행령 제43조 · 조세특례제한법 시행령 제5조 · 소득세법 제43조 · 조세특례제한법 제6조