재건축입주권에 대한 장기보유특별공제액 계산방법

1. 질의내용 요약

[질의사항]

재건축아파트의 고가입주권을 양도하고 양도소득세를 계산하는 과정에서 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 함에 있어서 기존부동산의 양도차익에 대하여만 공제를 하는지 아니면 권리부분에 대한 양도차익에 대하여도 공제를 할 수 있는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 󰡒양도가액󰡓이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 󰡒양도차익󰡓이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994.12.22. 개정)

② 제1항에서 󰡒장기보유특별공제액󰡓이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. (2003.12.30. 개정)

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 (1994.12.22. 개정)

양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 (2002.12.18. 개정)

양도차익의 100분의 15[제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 󰡒기준면적 미만 고가주택󰡓이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 (2002.12.18. 개정)

양도차익의 100분의 30[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50]

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-902, 2005.06.07.

1. 생략

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권을 2001. 1. 1. 이후 양도하는 경우, 당해 입주권의 양도차익은 「소득세법 시행령」 제166조 제1항 에 의거 기존부동산의 양도차익과 입주권프리미엄으로 구분하여 산정한 후 합산한 가액으로 하는 것임. 이 경우 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것임.

○ 서면4팀-1806, 2005. 9.30.

「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어서 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것입니다.

소득세법 제95조 · 소득세법시행령 제166조