자회사 임직원이 벤처기업인 모회사가 부여한 주식매수선택권을 행사하는 경우 과세특례 적용가능한지

1. 사실관계

○ 질의법인은 벤처기업으로 자회사의 임직원에게 2017년 주식매수선택권을 부여함

- 주식매수선택권을 부여받은 자회사 직원이 이를 행사하기 전에 자회사는 2020.3월 폐업함

2. 질의내용

○ 벤처기업의 자회사 임직원이 모회사의 주식매수선택권을 부여받은 경우 조특법§16의4에 따른 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례를 적용받을 수 있는지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제16조의4

① 벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2021년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것

② 적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 「소득세법」 제94조제1항제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제14조의4

① 법 제16조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 자"란 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3제1항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)을 말한다.

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자

2. 해당 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항 에 따른 지배주주등에 해당하는 자

3. 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주

4. 제3호의 주주와 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자

⑤ 법 제16조의4제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것

2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것

3. 사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것

4. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제11조의3제3항에 따라 부여받은 주식매수선택권이 아닐 것

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3

① 주식회사인 벤처기업은 「상법」 제340조의2 부터 제340조의5까지의 규정에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의가 있으면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중 해당 기업의 설립 또는 기술ㆍ경영의 혁신 등에 기여하였거나 기여할 능력을 갖춘 자에게 특별히 유리한 가격으로 신주를 매수할 수 있는 권리나 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 기업의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 이 조에서 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 이 경우 주주총회의 결의는 「상법」 제434조 를 준용한다.

1. 벤처기업의 임직원(대통령령으로 정하는 자는 제외한다)

2. 기술이나 경영능력을 갖춘 자로서 대통령령으로 정하는 자

3. 대학 또는 대통령령으로 정하는 연구기관

4. 벤처기업이 인수한 기업(발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 경우만 해당한다)의 임직원

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