의무임대기간 요건이 충족하기 전 임대등록이 자동말소된 경우 조특법§97의3 특례 적용 여부

1. 사실관계

’16.10.20.

’16.11.24.

’17.01.06.

’19.07.12.

’24.11.26.

’25.07.30.

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A아파트 매매계약

임대주택등록

(단기)

A아파트

취득

임대유형 변경

(단기→장기)

임대등록말소 (자동말소)

A 아파트

양도

○ ’16.10.20. A아파트 매매계약

○ ’16.11.24. A아파트 단기임대주택으로 등록

- ’16.12.23. A 아파트 임대개시

○ ’17.01.06. A아파트 취득

○ ’19.07.12. A아파트 임대유형변경(단기→장기)

○ ’24.11.26. A아파트 임대등록 말소(자동말소)

○ ’25.07.30. A아파트 양도

2. 질의요지

○ 단기임대주택 으로 등록한 아파트를 ’ 20.7.11. 전 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 경우로서

- 의무임대기간 요건을 충족하기 전 임대등록이 자동말소되는 경우 「 조세특례제한법 」 제 97조의3에 따른 장기보유특별공제율 적용 여부

3. 관련법령

□ 조세특 례제한법 ( 2024.12.31. 법률 제120617호로 개정된 것) 제97조의3

① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간 임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 (법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. <개정 (...) 2022.12.31 , 2024.12.31>

1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

부칙 <제19199호, 2022.12.31>

제38조 (장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치)

이 법 시행 전에 등록을 한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택에 대한 양도소득세 과세특례 에 관하여는 제97조의3제1항 의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

□ 조세특례제한법( 2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제97조의3

① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일 (｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일) 까지 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제4 호에 따른 공공지원민간 임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반 민간임대주택을 등록 [2020년 7월 11일 이후 장기일반 민간 임대주택 으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ (법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기 민간임대 주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공 지원민간임대 주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외 한다] 하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택 (이하 이 조에서 "장기 일반 민간임대주택등”이라 한다) 을 양도 하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 ｢소득세법｣ 제 95조제1항에 따른 장기보 유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제 2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다 . 다만, 장기일반 민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제 율을 적용한다.

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

□ 조세특례제한법 시행령 (2023.02.28. 대통령령 제33264호로 개정된 것) 제97조의3

① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자”란 「소득세법」제1조의2제1항제1호에 따른 거주자를 말한다.

② 법 제97조의3제1항제1호에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등”이라 한다)으로 10년 이상 계속하여 등록되어 있고, 그 등록 기간 동안 통산하여 10년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 「주택법」에 따른 리모델링의 시행 으로 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일 (소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.

부칙 <제33264호, 2023.2.28>

제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.

□ 조세특례제한법 시행령 (2023.02.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것) 제97조의3

① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자”란 「소득세법」 제1조의2제1항제1호 에 따른 거주자를 말한다.

② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 (이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다) 으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다 .

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 「주택법」에 따른 리모델링으로 임대할 수 없는 경우: 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.

2. 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항 에 따라 등록이 말소되는 경우: 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다 .

□ 민간임대주택에 관한 특별법 제6조

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제5호에 따른 장기 일반민간임대주택 중 아파트 (「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다) 를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

□ 민간임대주택에 관한 특별법 (2014.05.28. 법률 제12704호로 개정되기 전의 것) 제2조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "공공지원민간임대주택"이란 임대사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 10년 이상 임대할 목적 으로 취득하여 이 법에 따른 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택" 이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적 으로 취득하여 임대하는 민간 임대주택[아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

조세특례제한법 제97조의3