자동말소된 아파트 장기일반민간임대주택 양도 시 조특법§97의5에 따른 양도소득세 감면 적용 여부

1. 사실관계

○ 2018.12.17. □□광역시 중구 소재 A아파트 취득

○ 2019.01.03. A아파트를 장기일반민간임대주택(8년)으로 등록․임대

2. 질의내용

○ 10년 이상 임대요건을 충족하지 못하고 8년 임대 후 자동말소되는 아파트 장기일반민간임대주택의 경우, ｢조세특례제한법｣ 제97조 의 5에 따른 ‘장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 감면’ 과세특례를 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

<조세특례제한법>

○ 조세특례제한법 제97조의5

① 거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기 일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생한 양도소득에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2015.8.28, 2015.12.15, 2017.12.19, 2018.1.16>

1. 2018년 12월 31일까지 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제3호 의 민간매입임대주택 및 ｢공공주택 특별법｣ 제2조제1호 의3에 따른 공공매입임대주택을 취득(2018년 12월 31일까지 매매계약을 체결 하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하고, 취득일로부터 3개월 이내에 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따라 장기일반민간임대주택등으로 등록할 것

2. 장기일반민간임대주택등으로 등록 후 10년 이상 계속하여 장기일반민간임대주택등으로 임대한 후 양도할 것

3. 임대기간 중 제97조의3제1항제2호의 요건을 준수할 것

② 제1항에 따른 세액감면은 제97조의3의 장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례 및 제97조의4의 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다. <개정 2015.12.15, 2018.1.16>

③ 제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의5

① 법 제97조의5제1항제2호에 따른 10년 이상 계속하여 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간 임대주택등"이라 한다)으로 임대한 경우는 장기일반민간임대주택등으로 10년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 계속하여 10년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 경우에는 해당 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 본다. <개정 2015.12.28, 2016.2.5, 2018.2.9, 2018.7.16, 2020.2.11>

1. 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 주민등록을 이전하는 날까지의 기간으로서 6개월 이내의 기간

2. 제72조제2항 각 호의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되어 임대할 수 없는 경우의 해당 기간

3. ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣에 따른 소규모주택정비사업 또는 ｢주택법｣에 따른 리모델링의 사유로 임대할 수 없는 경우 에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우 에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업 계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간

② 법 제97조의5제1항을 적용할 때 임대기간 중 발생한 양도소득은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 제1항에 따른 임대기간의 마지막 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용하여 계산한다.

｢소득세법｣

제95조제1항에 따른 양도소득금액

×

(

제1항에 따른 임대기간의 마지막 날의 기준시가

-

취득당시

기준시가

)

양도당시

기준시가

-

취득당시

기준시가

③ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5 항 제1호 및 제3호를 준용한다. 이 경우 ｢소득세법｣ 제168조 에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대 사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. <개정 2015.12.28, 2016.2.5, 2018.7.16>

④ 법 제97조의5제3항에 따라 과세특례 적용의 신청을 하려는 자는 해당 장기일반민간임대주택등의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항, 제4항 및 제6항을 준용한다. <개정 2016.2.5., 2018.7.16>

○ 조세특례제한법 제97조의3

① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조 제4 호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간 임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간 임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외 한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해 서는 ｢소득세법｣ 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산 할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다 . 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다. <신설 2018.12.24>

③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다. <개정 2018.12.24>

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.12.24.>

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의3

② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속 하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제4호 의 공공지원민간 임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다.

1. ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣에 따른 소규모주택정비사업 또는 ｢주택법｣에 따른 리모델링으로 임대할 수 없는 경우: 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업 시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.

2. 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항 에 따라 등록이 말소되는 경우: 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다.

③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하 면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ｢민간 임대주택에 관한 특별법｣ 제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

2. ｢주택법｣ 제2조제6호 에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다)일 것

3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것

4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것

④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항 제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 ｢소득세법｣ 제168조 에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조제3항 에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시 한 것으로 본다.

⑤ ｢소득세법｣ 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항 본문에 따른 100분의 50의 공제율 또는 같은 항 단서에 따른 100분의 70의 공제율을 적용할 때에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다. <신설 2021.2.17.>

○ 조세특례제한법 제97조의4

① 거주자 또는 비거주자가 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제2호 에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택, ｢공공주택 특별법｣ 제2조제1호 의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 대통 령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 ｢소득세법｣ 제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례의 적용신 청을 하여야 한다.

③ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의4

① 법 제97조의4제1항에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목에 따른 장기임대주택 ( ｢소득세법｣ 제1조의2제1항제2호 에 따른 비거주자가 소유한 주택을 포함하며, 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 말한다.

② 법 제97조의4제1항을 적용할 때 장기임대주택의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 ｢소득세법｣ 제168조 에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록을 하거나, ｢공공주택 특별법｣ 제4조에 따른 공공주택사업자로 지정되어 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. <개정 2015.12.28>

<민간임대주택에 관한 특별법>

[2021.03.16. 법률 제17944호로 개정된 것]

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 " 준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다 .

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간 임대주택[아파트( 「주택법」 제2조제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다 .

6. 삭제 <2020.8.18>

7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제6조

① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

11. 제43조에도 불구하고 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정 되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조제5호의 장기 일반민간임대주택 중 아파트( ｢주택법｣ 제2조제20호 의 도시형 생활 주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조 제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무 기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

⑤ 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제5호 에 따른 장기일반 민간임대주택 중 아파트( ｢주택법｣ 제2조제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. <개정 2020.8.18, 2021.3.16>

⑥ 제1항 각 호(제5호 중 제43조제2항에 따라 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도하는 경우는 제외한다) 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다 .

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제43조

① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2호제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 "임대의무기간" 이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다. <개정 2020.8.18>

④ 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 중에도 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임대의무기간 내에도 계속 임대하지 아니하고 말소하거나, 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 허가를 받아 임대사업자가 아닌 자에게 민간임대주택을 양도할 수 있다. <개정 2020.8.18>

1. 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우

2. 공공지원임대주택을 20년 이상 임대하기 위한 경우로서 필요한 운영비용 등을 마련하기 위하여 제21조의2제1항제4호에 따라 20년 이상 공급하기로 한 주택 중 일부를 10년 임대 이후 매각하는 경우

3. 제6조제1항제11호에 따라 말소하는 경우

○ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 34조

① 법 제43조제1항에서 "임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시점을 말한다. <개정 2017.9.19, 2018.7.16, 2020.12.8>

1. 민간건설임대주택: 입주지정기간 개시일. 이 경우 입주지정기간을 정하지 아니한 경우에는 법 제5조에 따른 임대사업자 등록 이후 최초로 체결된 임대차계약서상의 실제 임대개시일을 말한다.

2. 민간매입임대주택: 임대사업자 등록일. 다만, 임대사업자 등록 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다 .

3. 법 제5조제3항 본문에 따라 장기일반민간임대주택을 공공지원민간 임대주택으로 변경신고한 경우: 변경신고의 수리일(같은 조 제5항의 경우에는 신고를 수리한 것으로 보는 날을 말한다). 다만, 변경신고 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다.

[2020.08.18. 대통령령 제17482호로 개정된 것]

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간 임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다 .

6. 삭제 <2020.8.18>

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제6조

① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다. <개정 2020.6.9, 2020.8.18>

11. 제43조에도 불구하고 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조제 5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대 주택 또는 제2조제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호 에 따른 장기 일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. <개정 2020.8.18.>

부칙 <제17482호, 2020.8.18.>

제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례)

① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등 록할 수 없다.

제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치)

제6조제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경 우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.

[2020.08.18. 대통령령 제17482호로 개정되기 전의 것]

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택 이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

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