자진말소 후 ’20.12.31.까지 장기일반민간임대주택으로 등록한 경우 조특법§97의3 적용여부

1. 사실관계

○ ’18년 A오피스텔 민간임대주택법상 임대사업자 등록

- ’20.12월말 자진말소 후 장기일반민간임대주택 사업자로 재등록

○ ’15.9월 B오피스텔 민간임대주택법상 임대사업자 등록 후 ’20.10월 자동말소됨

- 임대사업자로 재등록하지 않고 임대 중

2. 질의내용

○ (질의1) ‘20.7.11. 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 단기민간 임 대주택(A)을 자진말소하고 장기일반민간임대주택으로 재등록한 경우 조특법 §97의3에 따른 장기보유특별공제 적용여부

○ (질의2) 장기임대주택(B)이 자동말소된 이후에도 계속하여 임대하여 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우, ｢조세특례제한법｣ 제97조의4 에 따른 추가공제율을 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련 사례

□ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도 가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액 (이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포 함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일 까지로 한다 . 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공 제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다 .

□ 조세특례제한법 제97조의3 (’22.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것 )

① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호 에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2024년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

부칙 <제19199호, 2022.12.31.> 제38조(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치)

이 법 시행 전에 등록을 한 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택에 대한 양도소득세 과세특례에 관하여는 제97조의3제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

□ 조세특례제한법 제97조의3 (’20.12.19. 법률 제17759호로 개정된 것 )

① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제 4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간 임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간 임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외 한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 생략

부칙<제17759호,2020.12.29.>

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제104조의8제5항 및 제6항의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하고, 제117조제1항제2호의5 및 제3호의 개정규정은 2021년 4월 1일부터 시행하며, 제91조의2 및 제126조의2제5항의 개정규정은 2025년 1월 1일부터 시행한다. <개정 2022.12.31>

제2조(일반적 적용례) ③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.

□ 조세특례제한법 제97조의3 (’20.12.19. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것 )

① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

□ 조세특례제한법 제97조의3 ( 2014.01.01. 법률 제12173호로 신 설된 것)

① 대통령령으로 정하는 거주자가 「임대 주택법」 제2조제3호 의3에 따른 준공공임대주택을 같은 법 제6조의2에 따라 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 "준공공임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 60의 공제율을 적용한다.

1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

□ 조세특례제한법 시행령 제97조의3 (’23.2.28. 대통령령 제33264호로 개정된 것)

② 법 제97조의3제1항제1호에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 10년 이상 계속하여 등록되어 있고, 그 등록 기간 동안 통산하여 10년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 「주택법」에 따른 리모델링의 시행으로 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다. <개정 2023.2.28.>

④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조 에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항 에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다.

⑤ 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항에 따라 100분의 70의 공제율을 적용하는 경우에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다. <신설 2021.2.17, 2023.2.28>

□ 조세특례제한법 시행령 제97조의3 (’23.2.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것)

② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산 하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다.

1. 생략

2. 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대 주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항 에 따라 등록이 말소되는 경우: 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다.

④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제 5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제 168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간 임대주택을 장기 일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다 .

⑤「 소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의 3제1항 본문에 따른 100분의 50의 공제율 또는 같은 항 단서에 따른 100분의 70의 공제율을 적용할 때에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기 준시가를 기준으로 산정한다.(2021.2.17. 신설)

부칙<제29527호,2019.2.12.>제29조 (장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치)

① 이 영 시행 전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항 에 따라 변경 신고한 경우에는 제97조의3제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

□ 조세특례제한법 제97조의4

① 거주자 또는 비거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호 에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택, 「공공주택 특별법」 제2조제1호 의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

임대기간

추가공제율

6년 이상 7년 미만

100분의 2

7년 이상 8년 미만

100분의 4

8년 이상 9년 미만

100분의 6

9년 이상 10년 미만

100분의 8

10년 이상

100분의 10

□ 조세특례제한법 시행령 제97조의4

① 법 제97조의4제1항에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호 가목 및 다목에 따른 장기임대주택( 「소득세법」 제1조의2제1항제2호 에 따른 비거주자가 소유한 주택을 포함하며, 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 말한다 .

② 법 제97조의4제1항을 적용할 때 장기임대주택의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조 에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하거나, 「공공주택 특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자로 지정되어 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. <개정 2015.12.28.>

□ 서면-2021-법규재산-1422, 2022.06.21.

귀 서면질의의 경우, ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호 가목 및 다목에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택)이 ｢민간 임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료된 날 등록이 말소(자동말소)된 경우로서 해당 자동말소된 장기임대주택을 양도하는 경우, ｢조세특례제한법｣ 제97조의4 에 따른 추가공제율 적용 시 임대기간은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제97조의4제2항 에 따른 임대 개시일부터 자동말소일까지의 기간에 따라 산정하는 것입니다.

□ 사전 -2023-법규재산-0043, 2022.06.21.

｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호 가목 및 다목에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정)이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항 에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소(자동말소)된 경우로서 해당 자동말소된 장기임대주택을 양도하는 경우, ｢조세특례제한법｣ 제97조의4 (이하 “쟁점특례”라 함)에 따른 추가공제율 적용 시 임대기간은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제97조의4제2항 에 따른 임대개시일부터 자동말소일까지의 기간에 따라 산정하는 것으로, 귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 자동말소된 장기임대주택(A주택)을 자동말소일 이후에도 계속하여 임대하더라도 자동말소일까지 6년 이상 임대기간요건을 충족하지 못하는 경우에는 쟁점특례를 적용받을 수 없는 것입니다.

소득세법 제1조의2 · 소득세법 제95조 · 소득세법 제168조 · 조세특례제한법 제97조의3 · 조세특례제한법 제97조의4 · 소득세법시행령 제167조의3 · 조세특례제한법 시행령 제97조의3 · 조세특례제한법 시행령 제97조의4