개인기업의 법인전환 이후에도 계속 근무하는 종업원에 대한 근로소득 연말정산

1. 질의내용 요약

개인기업이 법인기업으로 전환하면서 당해 법인이 개인기업의 종업원을 계속하여 고용하는 경우 동 법인이 그 종업원의 개인기업 당시의 연말정산 미환급세액을 법인이 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급할 수 있는 것인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 시행규칙 제17조

법 제22조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 사유로 퇴직급여지급규정ㆍ취업규칙 또는 노사합의에 의하여 퇴직금을 실제로 받는 경우에는 현실적으로 퇴직한 것으로 본다. 다만, 당해 법인과 직접 또는 간접으로 출자관계에 있는 법인에의 전출은 현실적인 퇴직으로 보지 아니할 수 있다. (2001. 4. 30 개정)

2. 법인의 조직변경이 이루어진 경우 (1997. 4. 23 개정)

○ 소득세법 기본통칙 137-3

개인기업이 법인기업으로 기업형태를 변경하고 당해 개인기업의 종업원을 계속 고용하며 퇴직급여충당금을 승계하는 때에는 그 종업원에 대한 근로소득의 연말정산은 당해 법인이 할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제201조

① 근로소득세액에 대한 연말정산을 하는 경우에 원천징수의무자가 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다.

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인 46013-2471 (1998.09.02)

법인이 개인사업자로부터 사업을 포괄적으로 양수ㆍ양도함에 따라 개인사업자의 종업원이 퇴직금을 지급받지 않은 상태에서 사업 양수법인이 개인사업자의 종업원을 계속 고용하며 개인사업자에 근무한 기간에 대한 퇴직급여상당액을 미지급금으로 승계받은 경우에는 사업양수법인이 개인사업자의 근무기간을 합산하여 연말정산을 할 수 있는 것임.

○ 재직세 1264-802 (1980.03.24)

개인기업이 법인기업으로 기업형태를 변경하는 경우에 당해 법인이 개인기업의 종업원을 계속 고용하고 퇴직급여충당금을 승계하는 경우에는 동 법인이 그 종업원에 대한 근로소득세액의 연말정산을 할 수 있는 것임.

○ 법인 46013-2094 (1993.07.14)

개인기업이 법인으로 전환하면서 종업원을 현실적인 퇴직으로 처리하고 근로소득세를 정산함으로써 발생한 환급세액은 당해법인에서 개인기업의 종업원을 계속 고용하는 경우에도 법인이 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급할 수 없는 것임.

소득세법시행령 제201조 · 소득세법시행규칙 제17조