국고보조금의 부가가치세 과세표준 포함 여부

1. 사실관계

○ 당사는 2017년 5월부터 ‘서울시 의류제조업체 상생협업사업’을 대행함

- ‘서울시 의류제조업체 상생협업사업’은 영세 의류제조업체에 도움을 주기 위해 국가의 세금을 재원으로 하여 진행되는 비영리성 사업으로 사업의 주체는 서울시이며 당사가 그에 대한 업무를 대행하여 진행하고 있음

○ 당사는 업무대행에 따른 성과 비용을 지급받는 것이 아닌 사업에 필요한 비용을 월별로 청구하여 서울시 전용 거래 용도의 당사 법인 통장으로 지급받음

- 지급받는 비용 중 대표와 직원 개개인의 인건비도 포함되어 지급됨

2. 질의내용

○ 국고보조금을 받은 것에 대하여 부가가치세 과세표준에 포함되지 아 니하며 세금계산서를 발급할 필요가 없는지, 국고보조금을 재원으로 하여 지출하고 받은 세금계산서의 매입세액공제 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제11조

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제29조

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과 세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다 .

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. <개정 2014.1.1>

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

○ 서면인터넷방문상담3팀-73, 2006.01.12

사업자가 위탁사업계약에 의하여 부가가치세가 과세되는 용역을 제공하고 용역을 공급받는 자가 지급받은 국고보조금을 재원으로 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함하는 것으로 부가가치세법 제16조 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하여야 하는 것입니다.

○ 부가46015-3851, 2000.11.27.

사업자가 국고보조금 교부대상이 되는 재화 또는 용역을 공급하고 국가 등으로부터 그 대가를 직접 교부받는 국고보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 것이나, 귀 질의와 같이 재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 것임.

○ 부가46015-2261, 1999.08.03

사업자가 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률의 규정에 의하여 중소기업청장의 지정을 받은 제조업체에게 해외유명규격을 승인받아주는 업무를 대행해주고 그 대가 중 일부를 동 법률의 규정에 의하여 당해 제조업체에 지급될 국가출연금을 국가로부터 직접받는 경우 당해 지급받는 금액은 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임.

○ 부가가치세과-55, 2013.01.18

재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금・공공보조금은 「부가가치세법」 제13조제2항제4호 에 따라 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 재화・용역의 공급과 직접 관련된 경우에는 과세표준에 포함하는 것이며, 또한 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 「부가가치세법」 제17조제2항 에서 규정하고 있는 불공제되는 매입세액을 제외하고는 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.

그러나, 귀 질의의 경우가 어디에 해당되는지 여부에 대해서는 해당 국고보조금 지급에 대한 근거 규정, 사업자・지방자치단체・거래상대방 간에 체결된 약정내용, 구체적 대금 지급방법 등 제반 사실관계를 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 사항인 것입니다.

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