최저한세 적용 공제감면세액과 최저한세 적용제외 공제감면세액의 적용순서

1. 사실관계 및 질의요지

가. 사실관계

○ 당사는 금속구조물 등을 제작하는 법인으로 2010년말 현재

- 2007년에 신청하여 이월된 임시투자세액공제액(최저한세 적용대상) 76백만원과

- 2010년에 발생한 연구 ･ 인력개발비세액공제액(최저한세 적용제외대상) 126백만원이 있음

나. 질의요지

○ 2010년 세액공제 적용 시 상기 임시투자세액공제와 연구 ･ 인력개발비 세액공제의 적용순서에 대하여 문의

(갑설) 이월된 임시투자세액공제를 먼저 적용

(을설) 연구･인력개발비세액공제를 먼저 적용

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제132조

(2010.01.01-9924호 개정 전 법률)

① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인등을 제외한다)의 각 사업년도의 소득과 「법인세법」 제91조제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업년도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인세법」제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세ㆍ 「법인세법」 제96조 에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액ㆍ가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 13(과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조 및 제30조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구ㆍ인력개발준비금 및 특별감가상각비

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제63조의2제5항의 규정에 의한 소득공제금액ㆍ손금산입금액ㆍ익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제7조의2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 차감한 금액에 한한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제63조(수도권 외의 지역으로 이전하는 경우를 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득외의 소득에 한한다), 제85조의6 및 제102조의 규정에 의한 법인세의 면제 및 감면

○ 조세특례제한법 제132조

(2010.01.01-9924호 개정 법률)

① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 「법인세법」 제91조제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세( 「법인세법」 제55조의2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14(과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조 및 제30조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구ㆍ인력개발준비금 및 특별감가상각비

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제63조의2제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제7조의2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15 및 104조의18에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조에 따른 법인세의 면제 및 감면

< 생 략 >

③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.

○ 조세특례제한법 제144조

(2010.01.01-9924호 법률)

① 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.

○ 법인세법 제59조

(2010.01.01-9924호 법률)

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다. <개정 2001.12.31, 2003.12.30>

1. 각 사업년도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업년도중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

4. 제58조의3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지등양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. <개정 2001.12.31>

③ 제1항 각호의 감면 및 세액공제를 적용받던 피합병법인ㆍ분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 "피합병법인등"이라 한다)이 합병 또는 분할하는 경우의 적용방법등 제1항 및 제2항의 규정에 의한 감면 및 세액공제액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2009.12.31>

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법규과-1779, 2010.11.30

귀 과세기준자문의 경우, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로 납부할 세액을 계산함에 있어서, 「조세특례제한법」 제132조 의 최저한세가 적용되지 아니하는 같은 법 제121조의 2의 “외국인투자에 대한 법인세 등의 감면”을 적용받는 법인이 최저한세가 적용되는 같은 법 제26조의 “임시투자세액공제”의 이월된 금액이 있어 이를 동시에 적용하는 경우에는

그 이월된 “임시투자세액공제”를 먼저 적용한 후, “외국인투자에 대한 법인세 등의 감면”을 적용하는 것입니다.

○ 법규과-660, 2009.5.28.

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로 납부할 세액을 계산함에 있어서 조세특례제한법 제132조 의 최저한세가 적용되는 같은법 제26조의 임시투자세액공제와 최저한세가 적용되지 아니하는 같은법 제121조의2 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 및 같은법 제10조에 따른 중소기업의 연구 및 인력개발비에 따른 세액 공제를 적용하는 경우에는

임시투자세액공제(최저한세 적용)한 후 외국인 투자에 대한 법인세 등의 감면(최저한세 배제) 또는 중소기업의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제(최저한세 배제)를 적용하는 것임

○ 재정경제부 조세지출예산과-112, 2005.02.05

「조세특례제한법」 제63조 의 2의 규정에 의해 “법인이 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면”을 적용받는 법인이 이월된 “임시투자세액공제”가 있어 이를 동시에 적용하는 경우 법인세 납부할세액의 계산은 이월된 “임시투자세액 공제”를 먼저 적용하고 「조세특례제한법」 제63조 의 2의 규정에 의한 “법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면”을 그 다음에 적용하는 것임.

○ 법규과-1638, 2010.11.03

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산함에 있어서 「조세특례제한법」 제132조제1항제3호 의 최저한세가 적용되는 세액공제와 최저한세가 적용되지 아니하는 「법인세법」 제57조 의 외국납부세액공제가 동시에 적용되는 경우

납부할 법인세액은 산출세액에서 최저한세가 적용되는 세액공제를 우선 차감한 후에 외국납부세액공제를 차감하여 계산하는 것입니다.

○ 서면2팀-2373, 2004.11.17

제조업을 영위하는 중소법인이 법인세 과세표준 및 세액을 계산함에 있어서 조세특례제한법 제132조 의 규정에 의하여 최저한세의 적용이 배제되는 연구 및 인력개발비 세액공제와 공제대상인 임시투자세액 공제가 함께 있는 경우, 적용순서는 법인이 선택하여 적용받을 수 있는 것임.

○ 서면2팀-353, 2007.3.2

제조업을 영위하는 법인이 「조세특례제한법 제144조 제2항 의 규정에 의하여 세액공제액의 이월공제를 적용함에 있어 같은법 제132조의 규정에 의하여 최저한세의 적용이 배제되는 연구 및 인력개발비세액공제와 공제대상인 임시투자세액공제가 함께 있어 귀속 사업연도가 상이한 서로 다른 종류의 세액공제가 중복되는 경우에는 이월공제의 적용순서를 당해 법인이 선택하여 적용받을 수 있는 것임.

○ 조심2011중2766, 2011.12.05, 기각

세액공제 및 감면을 적용할 때에 사업자의 신청 목적에 따라 공제 감면의 순서가 달라지지 않으며, 최저한세 대상 공제감면인 고용 증대특별세액공제 및 임시투자세액공제를 최저한세 배제 공제감면인 외국인투자기업 법인세 감면보다 우선 적용하여야 함

○ 조심2010중0381, 2011.06.24, 기각

‘최저한세 대상 공제감면’인 임시투자세액공제 등을 ‘최저한세 배제 공제감면’인 외국인투자세액감면보다 우선 적용하여 과세한 처분은 정당함

○ 심사법인2010-0006, 2010.05.10, 기각

최저한세 적용대상이 되는 세액공제와 최저한세가 배제되는 세액공제를 동시에 적용할 경우 최저한세 적용대상 세액공제를 먼저 공제함이 타당함.

법인세법 제57조 · 법인세법 제59조 · 조세특례제한법 제63조의2 · 법인세법 제91조 · 법인세법 제96조 · 법인세법 제55조의2 · 조세특례제한법 제132조 · 조세특례제한법 제144조