주소지로 임대사업자등록을 한 경우 거주주택 비과세 및 일시적1주택?1분양권 비과세 가능 여부

1. 사실관계

○ ’16.11월 A오피스텔 * 분양계약, ’19.7월 준공 및 임대개시

* ’19.7월 단기임대등록, ’23.7월 자동말소, 세무서 사업장소재지 는 舊 주민등록상 주소지 로 되어 있음

○ ’22.07월 B아파트 취득

○ ’23.12월 C아파트 분양계약

○ ’25.03월 B아파트 * 매매계약 체결 및 6월 잔금 수령 예정

* 소득령§155⑳ 2년 거주기간 요건 충족한 것으로 전제

2. 질의내용

○ (질의1) 세무서 사업자등록증의 임대주택 사업장 소재지가 주민등록 주 소지인 경우 소득법§168에 따른 사업자등록을 한 것에 해당하는지 여부

○ (질의2) 자동말소된 장기임대주택(A), 거주주택(B)을 보유하는 1세대가, 분 양권(C)을 취득한 날부터 3년 이내, 장기임대주택 말소일부터 5년 이내 거주주택(B)을 양도하는 경우 비과세 가능 여부

3. 관련법령

□ 소득세법 제89조

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소 득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. <개정 2014.1.1, 2016.12.20, 2018.12.31, 2020.8.18, 2021.12.8>

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대 통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대 통령령으로 정하는 주택

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원 입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ｢빈집 및 소 규모 주택 정비에 관한 특례법｣에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정 비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위 하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2021.12.8>

□ 소득세법 시행령 제155조

⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제 1항을 적용한다. <중략>

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날, ｢영유아보육법｣ 제13조제1항 에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록 을 하고, 장기임대주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따라 민간 임 대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제44조제4항 의 전환 규정을 준용한다.

㉓ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정 법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후 (장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말 소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도 하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다. <신설 2020.10.7>

2. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항 에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우

※ 민특법§6(임대사업자 등록의 말소)⑤

종전의 민특법§2(5)에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트 및 단기민간임 대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록 말소

□ 소득세법 시행령(2025.02.28. 대통령령 제35349호로 개정된 것) 제 156조의3

② 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전주택” 이라 한다)을 양도하기 전에 분양권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1분양권을 소유하게 된 경우 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 분양권을 취득하고 그 분양권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기 획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 같은 항 제 1호, 제2호가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 분양권을 취득하는 요건을 적용하지 않는다.

□ 소득세법 시행령(2025.02.28. 대통령령 제35349호로 개정된 것) 제 167조의3

① 법 제104조제7항제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해 당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. <개정 2025.2.28>

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30 일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자 등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). <후략>

□ 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것) 제168조

① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. <개정 2018.12.31>

③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 ｢부가가치세법｣ 제8조 를 준용한다. <개정 2013.6.7.>

※ 부가법§8(사업자등록)①

사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 함

※ 부가령§8(사업장)①(15) 부동산임대업 : 부동산의 등기부상 소재지

□ 종합소득세 집행기준 168-0-4

｢소득세법｣에 따른 사업자등록은 임대주택의 소재지를 사업장으로 해 야 하나, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따라 임대사업자로 등 록한 사업자는 그 등록한 주소지(사무소 소재지)를 사업장으로 하여 관할세무서장에게 ｢소득세법｣ 제168조 에 따라 사업자등록신청을 할 수 있다.

※ 민특법§5(임대사업자의 등록)①

주택을 임대하려는 자는 시장∙군수∙구청장에게 등록을 신청할 수 있음

※ 민특령§4(임대사업자 등록 및 변경신고)④

임대사업자의 주소지 또는 민간임대주택 소재지 관할 시장∙군수∙구청장에게 등록 신청

소득세법 제89조 · 소득세법 시행령 제154조 · 소득세법 시행령 제155조 · 소득세법 시행령 제156조의3 · 소득세법 시행령 제167조의3 · 소득세법 제168조