수도권과밀억제권역내의 농업회사법인에 대한 세액감면 여부

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1. 질의내용 요약

가. 사실관계

- 질의법인은 2005년에 경기도 여주군 소재에서 창업한 농업회사법인으로 개업 후 2년이 경과한 시점에 당초 본점에 지점을 설치하고 본점은 수도권과밀억제권역인 경기도 하남으로 이전함

- ｢조세특례제한법｣ 제68조 제1항 규정에 의해 농업회사법인은 2009.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고, 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 같은 법 제6조 제1항을 준용하여 감면하고 있음

- ｢조세특례제한법｣ 제6조 제1항 의 내용은 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업 등에 대해 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일로부터 3년 이내 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대해 법인세 등을 50% 감면하도록 규정

나. 질의요지

- 농업회사법인이 수도권과밀억제권역 안으로 본점을 이전하는 경우에도 ｢조세특례제한법｣ 제68조 제1항 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특레제한법 제68조

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조제1항의 규정을 준용하여 감면 한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2003.12.30 부칙, 2006.12.30 부 칙, 2009.4.1 부칙>

② 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. 이 경 우 제66조제5항 내지 제8항의 규정을 준용한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2003.12.30 부칙, 2006.12.30 부칙>

③ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농업회사법인에게 「농업ㆍ농촌기본법」 제3조제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2004.12.31 부칙, 2006.12.30 부칙>

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2009년 12월 31일까지 지급받는 배당 소 득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대하여는 소득세를 면제하 고, 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득에 대하여는 「소득세법」 제14조제2항 의 규정에 따른 종합소득과세표준계산의 경우 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 따른다. <신설 2006.12.30 부칙>

⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항의 규정을 적용받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. <개정 2006.12.30 부칙>

○ 조세특레제한법 시행령 제65조

① 법 제68조제1항에서 "대통령령이 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득을 말한다. <개정 2008.2.22 부칙, 2008.6.20 부칙>

1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조 에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제30조 에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득

3. 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

②법 제68조제4항 후단에 따른 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 하고, 농업소득에서 발생한 배당소득은 배당소득 총액 중 농업소득 외의 소득(제1항의 소득에 한한다)에서 발생한 배당소득을 차감한 금액으로 한다.

농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 × 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 농업소득 외의 소득금액(제1항의 소득에 한한다) / 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 총소득금액

③법 제68조제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 또는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29 부칙>

④법 제68조제4항에 따라 배당소득에 대한 소득세를 면제받으려는 자는 해당 배당소득을 지급받는 때에 기획재정부령이 정하는 세액면제신청서를 농업회사법인에 제출하여야 한다. 이 경우 농업회사법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 조합원이 제출한 세액면제신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29 부칙>

○ 조세특레제한법 제6조

① 2009년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역외의 지역에서 창업한 중소 기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조제1항 의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사 업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5 년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 1999.8.31 부칙, 2000.1.21 부칙, 2002.12.11 부칙, 2003.12.30 부칙, 2004.10.5 부칙, 2005.12.31 부칙, 2006.12.26 부칙, 2006.12.30 부칙, 2007.4.11 부칙>

소득세법 제14조 · 중소기업창업지원법 제6조 · 조세특례제한법 제68조