다가구주택을 장기일반민간임대주택등으로 등록한 경우 장기보유특별공제 적용

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 2003.07.00 . 甲은 ‘서울시 강남구’ 소재 A주택 * 취득

- 2019.05.08. 강남구청 임대사업자 등록

- 2019.05 .27. 세무서 주택임대 사업자등록

* A주택 현황

○ 주택연면적 : 184.5㎡(1층 61.5㎡·2층 61.5㎡·지하층 61.5㎡)

○ 개별주택가격 : 1,500백만원(‘19년), 658백만원(’18년)

○ 임차인 수 : 3가구(지하, 1, 2층)

☞ 재건축 진행중으로 2018. 7. 분양신청 변경하여 관리처분변경 진행중이며 1+1(34평, 24평) 신청

○ 질의내용

1) A주택을 10년이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우 장기보유특별공제액 계산할 때 100분의 70의 공제율을 적용하는지

2) 임대사업자 등록 후 재건축사업시행으로 건물이 멸실된 경우 임대사업자 등록을 계속 유지해야 하는지

3) 장기보유특별공제액 적용은 취득시점부터 인지 임대사업자 등록 시점부터 인지

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제97조의3

① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반 민간임대주택등"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해 서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다. <개정 2014.12.23, 2015.8.28, 2015.12.15, 2018.1.16>

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다. <신설 2018.12.24>

③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다. <개정 2018.12.24>

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.12.24>

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의3

① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정 하는 거주자"란 「소득세법」 제1조의2제1항제1호 에 따른 거주자 를 말한다.

② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업, 재개발사업 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업으로 인하여 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획을 말한다) 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다. <개정 2015.2.3, 2015.12.28, 2016.2.5, 2018.7.16, 2019.2.12>

③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다. <개정 2015.12.28, 2016.2.5, 2016.8.11, 2018.10.23>

1. 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 아니할 것

2. 「주택법」 제2조제6호 에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것

3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것

4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주 택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것

④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조 에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항 에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다. <개정 2015.2.3, 2015.12.28, 2016.2.5, 2018.7.16, 2019.2.12>

⑤ 법 제97조의3제2항에 따라 과세특례 적용의 신청을 하려는 자는 해당 장기일반민간임대주택등의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항ㆍ제4항 및 제6항을 준용한다. <개정 2016.2.5, 2018.7.16>

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 부동산거래관리과-371 , 2012.07.16

「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호 에 따른 장기임대주택의 임대기간 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제97조 의 규정을 준용 하는 것입니다, 이 경우 해당 주택에 대해 「소득세법」 제168조 에 따른 사업자등록과 「임대 주택법」 제6조 에 따른 임대사업자등록을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보는 것입니다.

○ 사전-2015-법령해석재산-0386, 2015.12.04

1. 거주자가 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민 주택규모에 해당하는 다가구주택을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5호 이상 임대하는 거주자가 당해 주택을 5년 또는 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는「조세특례제한법」제97조를 적용하는 것이며, 이에 해당하는지는 제반사항을 고려하여 판단할 사항입니다.

이 경우 같은 법 시행령 제97조 제3항을 적용함에 있어서 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하지 아니한 경우에도 적용받을 수 있는 것입니다.

2. 고가주택에 해당하는 다가구주택이「조세특례제한법」제97조 규정에 의한 장기임대주택에 해당하는 경우에는 고가주택에 대한 1세대 1주택을 먼저 적용한 후 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하고, 국민주택규모 이하 가구와 초과 가구가 혼합되어 있는 경우에는 국민주택규모에 해당하는 가구 임대분에 한하여 양도소득세를 감면하는 것입니다.

조세특례제한법 제97조의3 · 조세특례제한법 제97조 · 소득세법 제168조 · 조세특례제한법 시행령 제97조 · 소득세법 제95조 · 조세특례제한법 시행령 제97조의3 · 소득세법 제1조의2 · 소득세법시행령 제167조의3