고유목적사업에 사용하지 않은 교회소유 부동산의 양도소득 신고방법

[ 관련 첨부서류 ]

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

1. 대한예수교 장로교(합동)소속 주**교회에서 부동산을 3천만원에 매입하여 4년 경과후에 1억원에 매도하여 양도차익이 칠천만원 발생하여 자진 납부코자함. 동 부동산은 비사업용 토지이며, 고유번호증을 발급받았고, 부동산은 교회명의로 등기되어 있음.

○ 질의요지

이 경우 소득세로 신고 납부하여야 하는 지, 법인으로 신고하여야 하는 지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제62조 의 2

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2006. 12. 30. 개정)

④ 「소득세법」 제96조 ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2006. 12. 30. 개정)

⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)

⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. (2001. 12. 31. 신설)

⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)

⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2006. 12. 30. 단서개정)

⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31. 신설)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-111, 2007.01.15

[법인] 비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례

비영리법인의 자산양도소득은 법인세 과세표준에 포함하여 신고하거나 소득세법상 양도소득세 신고방식에 의해 계산하는 것임

(사실관계)

- 교회건물이 있는 상태에서 교회 본당으로 사용코자 2005.4월 농협건물을 매입하여 증축설계를 허가받았으나 주차장이 여의치 않아 매매코자 함. 상기 건물은 교회 교육관으로 사용되었으며 양도대금으로 기존 교회건물을 증축코자 함. 이 경우 양도한 건물 양도차익에 대한 양도세부과여부를 서면질의함.

(질의요지)

비영리법인의 토지 및 건물의 자산양도소득 법인세 신고방법

「법인세법」 제3조 제2항 제1호 의 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 매입한 부동산을 종교단체의 고유목적사업으로 사용하던 중 3년 이내에 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이며, 제62조의 2의 규정을 적용할 경우에는 같은조 제4항에 의해 「소득세법」 제96조 , 제97조, 제98조 및 제100조의 규정을 준용하여 양도차익 등을 계산하는 것임.

○ 서면2팀-2168, 2006.10.26

「법인세법」 제3조 제2항 제1호 에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 같은 법 제62조의 2 제1항 각 호의 자산양도소득이 있는 경우에는 같은 법 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며, 법인세 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대해서는 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 「소득세법」 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하는 것임.

○ 서면2팀-1894, 2006.09.25

[법인] 비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례

자산양도소득만 있는 학교법인은 법인세로 신고하는 방법과 소득세법을 준용하여 신고하는 방법을 선택할 수 있으며, 법인세로 신고하는 경우 소득세법을 준용하여 납부한 세액은 기납부세액으로 공제됨

(질의요지)

1. 법인세법 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하자 아니하는 사립학교법에 의해 설립된 비영리내국법인이 수익사업에서 발생한 양도차익(고정자산처분수입)만 있는 경우 양도차익 전액을 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는지 여부세무조정으로 손금산입할 수 있는지 여부 및 조정계산서 작성 방법

2. 자산양도소득에 대한 법인세신고특례로 양도소득세 과세표준 예정신고를 한 경우에도 법인세법 제1항 의 규정에 의해 신고할 경우 법인세 납부세액이 없을 경우 예정신고 납부세액을 환급하여 주는지 여부

(사실관계)

법인세법 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하자 아니하는 비영리내국법인(학교법인)이 같은 법 제62조의 2 규정에 의하여 각사업연도 소득에 대한 법인세로 신고하는 방법과 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 법인세(양도소득세)로 신고하는 방법 중 선택하여 신고할 수 있도록 하고 있음.

1. 「법인세법」 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 「사립학교법」에 의해 설립된 학교법인이 수익사업에 해당하는 자산양도소득만 있는 경우 같은 법 제62조의 2 규정에 의하여 각사업연도 소득에 대한 법인세로 신고하는 방법과 「소득세법」을 준용하여 양도소득세 예정신고하는 방법 중 선택하여 신고할 수 있으며, 각사업연도 소득에 대한 법인세로 신고하는 경우 「소득세법」을 준용하여 납부한 세액은 기납부세액으로 공제하는 것임.

2. 「조세특례제한법」 제74조 규정에 의하여 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 것이며, 「법인세법」 제60조 규정에 의해 과세표준과 세액을 신고하되 동조 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에도 무신고로 보지 아니하는 것임.

법인세법 제3조 · 법인세법 제62조