이익금을 부가가치세가 면제되는 재화로 분배시 계산서교부 및 가산세 적용여부

1. 질의내용 요약

○○공사(이하 '당사')는 ○○도 ○○사업단의 권리의무를 포괄승계하여 916억원의 자본금을 ○○도로부터 전액 출자받아 1999. 1. 1 창립된 지방공사입니다.

당사는 2000년도 귀속분 매출처별 계산서합계표 제출시 25,844백만원(사업자등록거래분 16,935백만원, 주민등록거래분 8,909백만원)을 매출금액으로 제출하였습니다.

다만, ○○시에 택지개발이익금을 반환하는 과정에서 토지로 배분하여 준 금액(11,690백만원)에 대해서는 매출처별계산서합계표 제출시 반영하지 않은 바, 이에 대한 계산서의 미교부 및 합계표 미제출 가산세와 관련하여 다음과 같이 질의합니다.

참고로 당시 ○○도 ○○사업단은 ○○시 2지구 택지개발사업 등을 ○○시로부터 위탁받아 시행하였고 당사는 "이익금이 5억원이상 발생하였을 경우 이익금의 40%를 배분한다"는 당시 도 ○○사업단 설치조례 제14조와 "○○사업단의 권리의무를 포괄승계한다"는 ○○공사 설치조례 부칙 제3조에 의거 ○○시와의 협약 ('99.9.30)을 통해 총14,290백만원의 택지개발이익금중 11,690백만원은 토지(2000.1.6소유권이전)로, 2,600백만원은 현금으로 배분(2000.1.31)하여 주었습니다.

첫째, 〇〇시에 이익금을 토지로 배분하여 준 금액은 〇〇시가 당사의 택지개발에 따른 이익금 중 상기 조례에 의한 이익배분에 따른 자기지분(40%)을 수령한 것에 불과함으로 당사에게는 거래대가가 없는 무상공급행위로 해석할 수 있는지

둘째, 상기 경우에 계산서 발행의무가 있고 계산서의 미교부 및 합계표 미제출 가산세가 적용되는지

에 대하여 의문이 있어서 질의합니다.

법인세법 제121조 · 법인세법 제76조