도시환경정비사업의 부가가치세 납세의무자 등의 여부

〔붙 임 : 참고자료〕

1. 질의내용 요약

가. 사실관계

서울시는 도정법 제8조 제4항 제3호의 규정에 따라 세운4구역의 도시환경정비사업을 시행하면서 사업의 시행자를 종로구청으로 지정하였으나 토지소유자의 신탁문제 및 사업지연 등을 이유로 사업시행자를 종로구청에서 SH공사로 변경

- 총사업비는 일반분양수입 및 토지 등 소유자의 추가분담금으로 조달을 하고 자금의 집행은 SH공사가 함

- 사업의 시행 및 자금의 집행은 SH공사가 하나 사업과 관련된 손익은 토지등 소유자에게 귀속됨

- 관리처분시에 토지등 소유자중 사업미동의자에 대한 지분은 SH공사에서 매입하고 사업의 종료후 발생하는 이익에 대해서는 기존 토지소유자등에게 양여하기로 함

[질의사항]

1)사업비에 대한 조달은 일반분양수입 및 토지등소유자의 추가분담금으로 하고 자금의 집행은 SH공사가 하는 상황에서 모든 손익의 귀속주체는 토지등소유자에게 귀속되는 경우 부가가치세법 제2조 의 납세의무자는 토지등소유자 또는 SH공사중 누가 납세의무를 지는지 여부

- 갑 설 : 토지등소유자가 부가가치세법상 납세의무자임. 왜냐하면 관리처분의 주체 및 발생 손익의 귀속주체는 토지등 소유자이기 때문임

- 을 설 : SH공사가 부가가치세법 납세의무자임. 왜냐하면 자금의 집행 및 책임을 SH공사가 부담하기 때문임

2) 사업자등록 변경시 사업의 포괄양도 양수 여부

당초 국세청 서면3팀-1582(2005.09.21)에 따라 토지등소유자의 명의로 발행된 사업자등록으로 하여 사업비를 집행하고 세금계산서를 수수하였는바 만약에 SH공사명의의 새로운 사업자등록증을 기준으로 정비사업의 자금을 집행하여야 한다면 기존 토지등소유자 사업자의 폐업시 사업의 포괄양도양수에 해당되는지 여부

- 갑 설 : 사업시행자가 변경되더라도 사업의 포괄양도양수에 해당이 되고 토지등소유자의 명의로 기 집행된 사업비는 SH공사의 필요경비에 산입가능함

- 을 설 : 사업시행자가 변경되는 경우 기 지출된 사업비는 필요경비에 산입될 수 없고 포괄양도양수에 해당하지 않음

3) 기 공제받은 부가가치세에 대한 불공제 여부

세운4구역은 국세청의 기존 예규회신에 따라 토지등소유자를 공동사업자로 하여 부가가치세 납세의무를 이행하였는바, 종전 사업시행자인 종로구청 명의로 부가가치세 신고가 이루어지지 않았기 때문에 기 공제받은 부가가치세는 불공제 대상인지 여부

- 갑 설 : 국세청의 유권해석에 따라 납세의무를 적법하게 사업자등록하였으므로 공제대상임

- 을 설 : 적법한 납세의무자로 볼 수 없기 때문에 기 공제받은 부가가치세는 불공제 대상임

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제4조

(2003. 12. 30. 제목개정)

① 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다. (2003. 12. 30. 개정)

② 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다. (2003. 12. 30. 개정)

③ 제1항의 규정에 불구하고 2 이상의 사업장이 있는 사업자로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 사업자(이하 “사업자단위과세사업자”라 한다)는 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장의 승인을 얻어 그 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고ㆍ납부할 수 있다. 이 경우 그 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고ㆍ납부와 관련한 이 법의 적용에 있어서 각 사업장으로 본다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 당해 사업자가 각 사업장의 물류흐름 및 재고를 관리할 수 있는 대통령령이 정하는 전산시스템설비를 갖추고 있을 것 (2003. 12. 30. 개정)

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 본점 또는 주사무소의 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻을 것 (2003. 12. 30. 개정)

④ 제1항의 사업장의 범위는 대통령령으로 정한다. (2003. 12. 30. 개정)

○ 부가가치세법 제6조

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다. (1977. 12. 19. 개정)

③ 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기나 그 사용인의 개인적인 목적 또는 기타의 목적으로 사용ㆍ소비하거나 자기의 고객이나 불특정다수인에게 증여하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다. (1977. 12. 19. 개정)

④ 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화(제17조 제2항 각 호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 제외한다)는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 경우에 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다. (2006. 12. 30. 개정)

⑤ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 있어서는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령이 정하는 것 (1999. 12. 28. 개정)

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. (2006. 12. 30. 단서삭제)

3. 법률에 의하여 조세를 물납하는 것으로서 대통령령이 정하는 것 (1999. 12. 28. 개정)

⑦ 제1항에 규정하는 재화의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

<서면3팀-3405, 2007.12.26>

「도시 및 주거환경정비법」 제8조 제4항 의 규정에 의하여 도시환경정비사업의 사업시행자로 지정받은 지방공사가 같은 법 제6조 제4항에 규정하는 정비사업의 시행에 따른 정비사업비를 부담하여 건설한 상가를 종전 토지 등의 소유자 및 일반인에게 분양( 「조세특례제한법」 제104조 의 7 제3항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보지 아니하는 경우를 제외)하는 경우 상가의 분양에 대한 부가가치세의 납세의무자는 당해 지방공사가 되는 것임.

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