舊 임대주택법에 따른 매입임대주택을 장기일반민간임대주택으로 유형전환하는 경우 조특법§97의4에 따른 임대기간 기산일

[ 문서번호 ]

사전-2025-법규재산-0065(2025.02.26.)

[ 세목 ]

양도

[ 납세자회신번호 ]

법규과-394

[ 제 목 ]

舊 임대주택법에 따른 매입임대주택을 장기일반민간임대주택으로 유형전환하는 경우 조특법§97의4에 따른 임대기간 기산일

[ 요 지 ]

조특법§97의4 과세특례 적용시 임대기간 계산은 「민간 임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간매입임대주택내에서의 유형전환과 관계없이 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 舊 「임대주택법 」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하여 임대하는 날부터 기산하는 것임

[ 답변내용 ]

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 거주자가 주택을「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 舊「임대주택법」(1997.03.01. 법률 제5228 호로 개정된 것, 이하 같음) 제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 같은 법 제2조제3호에 따른 매입임대주택으로 등록한 경우로서

「민간임대주택에 관한 특별법」(2017.01.17. 법률 제14542호로 개정된 것) 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조제5호의 준공공임대주택으로 변경신고한 경우

「조세특례제한법」제97의4에 따른 임대기간은 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 舊「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보아 계산하는 것입니다.

[ 관련법령 ]

소득세법 제89조

소득세법 시행령 제154조

1. 사실관계

○ 1996년 다세대 주택 6채 취득

○ 1999.01월 舊 「임대주택법」에 따른 매입임대주택 임대사업자로 구청과 세무서에 등록

○ 2018.02.12. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 준공공임대주택 으로 유형 전환

○ 2023.02.23. 임대의무기간이 경과한 후 말소 신청

○ 2024.12.27. 해당 다세대 임대주택 중 1채를 양도

* 임대기간외 해당 규정의 다른 요건은 모두 충족한 것으로 전제

2. 질의내용

○ 舊 임대주택법에 따라 매입임대주택으로 등록한 주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 준공공임대주택(장기일반민간임대주택)으로 유형전환하는 경우

- 「조세특례제한법」제97의4 적용시 임대기간 기산일은 언제인지

3. 관련법령 및 관련사례

□ 조세특례제한법 제97조의4

① 거주자 또는 비거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조제3호에 따른 민간 매입임대주택, 「공공주택 특별법」 제2조제1호 의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도 하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만 , 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

임대기간

추가공제율

6년 이상 7년 미만

100분의 2

7년 이상 8년 미만

100분의 4

8년 이상 9년 미만

100분의 6

9년 이상 10년 미만

100분의 8

10년 이상

100분의 10

② 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례의 적용신청을 하여야 한다.

③ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법(2015.07.24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것) 제97조의4

① 거주자 또는 비거주자가 「임대 주택법」 제2조제3호 에 따른 매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대 기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다 . 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

□ 조세특례제한법 시행령 제97조의4

① 법 제97조의4제1항에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호가목 및 다목에 따른 장기임대주택 ( 「소득세법」 제1조의2제1항제2호 에 따른 비거주자가 소유한 주택을 포함하며, 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 말한다.

② 법 제97조의4제1항을 적용할 때 장기임대주택의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조 에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하거나, 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로 지정되어 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

③ 법 제97조의4제2항에 따라 과세특례의 적용신청을 하려는 자는 해당 장기임대주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항, 제4항 및 제6항을 준용한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제97조

⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 "주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다 .

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

2. 삭제 <2001.12.31>

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택 임대기간에 합산할 것

3의2. 삭제 <2001.12.31>

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

□ 조세특례제한법 시행규칙 제44조

영 제97조제5항제5호에서 "기획재정부령이 정하는 기간"이라 함은 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간으로서 3월이내의 기간을 말한다.

□ 소득세법 시행령 제167조의3

① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법 」 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등" 이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일" 이라 한다 ) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대 사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다 ]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록 하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목 까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택 으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항 에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호 에 따른 민간매입 임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100 분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차 계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대 보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

다. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 대지면적이 298제곱 미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고 , 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대 하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내 에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대 주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만 , 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택에 한정한다.

□ 소득세법 시행령 (2015.02.03. 대통령령 제26067호로 일부개정된 것) 제167조의3

① 법 제104조제4항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주 택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「임대 주택법」 제6조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「임대 주택법」 제6조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대 주택법」 제6조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. 「임대 주택법」 제2조제3호 에 따른 매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

□ 소득세법 제168조

① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

조세특례제한법 제97조의4